В 1931 г. Фотис Кондоглу участвовал в раскопках в Спарте, расчистил, отреставрировал и выполнил копии росписи римской гробницы. В 1932 г. расчищал фрески собора монастыря Кесариани, а в 1933 г. работал по приглашению египетских властей в Коптском музее в Каире. Впечатление, произведённое на Фотиса Кондоглу файюмскими портретами, отразилось на его творчестве. Фотис Кондоглу успел поработать и в жанре миниатюры, по сути, возродив византийское искусство украшения рукописей миниатюрами: в 1934 г. написал книгу «Астролябия» и создал иллюстрации к ней (издана в 1935 г. на Керкире; часть изображений выполнил Янис Царухис). В 1934–1935 гг. художник был приглашён для реставрации икон в музей Керкиры. Во второй половине 1930 гг. начался этап освоения Фотисом Кондоглу монументальной живописи: он расписал домовые церкви семьи Заимисов в Рио близ Патр (1935 г.) и семьи Песмазоглу в афинском районе Кифисья (1939 г.), начал росписи приходского храма в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» в Пеании (Лиопеси) в Аттике (1939–1940 гг.; прерваны из-за войны, возобновлены в 1946 г., завершены в 1951 г.). Число икон, созданных в этот период, невелико; исследователям наиболее интересны 22 иконы иконостаса церкви Успения Пресвятой Богородицы (или Пантанассы) в афинском квартале Монастираки (1932 г.), образы «Великомученик Георгий» (1933 г., коллекция А. Кодзабасиса), «Три святителя» (1934 г., церковь Капникарея), иконы церкви великомученицы Екатерины при больнице «Красный Крест» (1935–1937 гг.). В византийском стиле Фотис Кондоглу выполнил картины, посвящённые античной и современной тематике (например, «Долина плача», 1930 г.; «Аякс и Одиссей», 1935 г.); два ансамбля светской живописи – в своём доме (1932 г., фреска) и сцены из истории греческого народа от мифологического периода до 1821 г. в здании Афинской мэрии (1937–1939 гг., фреска и вмонтированные в стены картины). В конце 1930 гг. (до 1940 г.) Фотис Кондоглу работал в Мистре над расчисткой фресок церкви Пресвятой Богородицы Перивлепты. В 1940 г. написал книгу «Древние люди Востока» и сделал к ней 11 иллюстраций (издана в 1945 г.). Во время Второй мировой войны Фотис Кондоглу не имел нормальных условий для работы, испытывал значительные материальные трудности, даже был вынужден продать свой дом. В 1942 г. начал расписывать восточную часть церкви Капникарея, стремясь к тому, чтобы роспись по духу соответствовала архитектуре византийского храма. Впоследствии наблюдается переход мастера от техники альфреско к клеевой живописи. Литературные сочинения, созданные в 1940 гг., посвящены героическим личностям прошлого («Мужи прославленные и забытые», 1942 г.) или ужасам войны, которые он описывает символически, с помощью мифологических образов («Бог Конанос и его монастырь, называемый Потопление», 1943 г.). Другая книга – «Таинственный сад» (1944 г.) раскрывает духовное богатство православия и содержит, главным образом, изображения святых. В первые послевоенные годы создал много икон, в том числе для иконостасов церквей Николая Чудотворца (1947–1949 гг.) и апостола Андрея Первозванного (1948 г.), расположенных в афинском районе Като-Патисия. Одновременно с церковной живописью в византийском стиле Фотис Кондоглу продолжал создавать реалистические портреты (например, архиепископа Афинского Дамаскина, 1949 г.). В 1947 г. написал «Житие и подвижничество преподобного отца нашего Марка Отшельника из Афин» (с 12 миниатюрами) и «Жизнь и житие Блеза Паскаля, Христа ради юродивого».