В 1924 г. Фотис Кондоглу снова отправился на Афон, где занимался копированием и созданием собственных произведений. Он периодически возвращается к монохромному рисунку в книжной графике (например, иллюстрации к сочинению П. Дельты «Жизнь Христа»: «Апостол Нафанаил молится под инжирным деревом» и «Христос, рисующий на песке»), в портретах и жанровых сценах из жизни квартала Неа-Иония в Афинах, где жили беженцы из Малой Азии. В 1924 г. Фотис Кондоглу сделал два рисунка, в которых исследователи видят влияние Эль Греко («Иоанн Предтеча» и «Христос с учениками»), в 1925 г. – пейзажи акварелью и темперой и копии мозаик церкви Успения Пресвятой Богородицы в Дафни (около 1100 г.) в технике фрески. С 1925 г. принимал участие в издании посвящённого искусству журнала «Дружеское общество». С 1926 г. исследователи отмечают серьёзные изменения в творчестве Фотиса Кондоглу – он написал картину «Участник борьбы за Македонию» (масло) и портрет прозаика Н. Велмоса (темпера), в которых впервые использовал приёмы византийской живописи для изображений светской тематики. В том же году им был сделан ряд акварельных пейзажей, а также иллюстрации к книге Н. Мелас «Павлос Мелас». В 1927 г. Фотис Кондоглу написал первые иконы в византийском стиле для митрополичьего собора острова Кимолос. Во второй половине 1920 гг. Фотис Кондоглу сотрудничал как автор и художник в журнале «Греческая литература» и иллюстрировал книгу «Сказки: Сборник Г. Мегаса». В 1928 г. вышла в свет его книга «Путешествия», в которой литературные описания Греции сопровождены рисунками. Целью иллюстрирования Фотиса Кондоглу собственных произведений было не украшение, а смысловое дополнение текстов. Исследователи отмечают, что его стилю под влиянием византийской живописи, произведений критской школы, а также «народного» искусства поствизантийского периода были присущи схематичность, плоскостность, линеарность. Цветовая гамма его произведений отличается приглушёнными, «блеклыми» оттенками, которые он считал характерными для фресок византийского периода. Лишь в некоторых поздних храмовых росписях, выполненных вместе с учениками, исследователи видят более яркий колорит (церкви великомученика Георгия Победоносца в Кипсели и Николая Чудотворца в Като-Патисии). Притом что Фотис Кондоглу хорошо знал (учитывая ранний период копирования) и любил византийское искусство, творчество мастера исследователи не могут назвать подражательным: он переосмыслял и перерабатывал византийское наследие. Чуть раньше Фотиса Кондоглу в византийском стиле начали работать Димитриос Пелекасис, К. Карагацидис, А. Виагинис, но, по словам художника Никоса Энгонопулоса, они стремились к воспроизведению византийских образцов, что придавало их произведениям вид музейных экспонатов, а Фотис Кондоглу возродил византийское искусство, сделав его живым и современным. Интерес к Византии начал пробуждаться у представителей греческой интеллигенции, с которыми Фотис Кондоглу поддерживал дружеские отношения, среди них – занимавшиеся возрождением византийской архитектуры Анастасиос Кимонос Орландос и Аристотелис Захос, исследователь византийской музыки Симон Каррас, археолог и искусствовед-византинист А. Ксингопулос. Духовным отцом Фотиса Кондоглу был известный старец архимандрит Филофей (Зервакос). Изучение древней техники живописи позволило Фотису Кондоглу стать востребованным реставратором. В 1930 г. он был приглашён на должность реставратора в Византийский музей в Афинах.