Он просил Сергея Семёновича Гнусина собрать «экстракт» из главных положений брачников и подготовить на них опровержение, что нашло отражение в сочинениях С.С. Гнусина, созданных в 1805 г.: «О браках новожёнских» (две книги; Научно-исследовательский отдел рукописей Российской государственной библиотеки, список второй половины ХIХ в., содержит обращение к «высокомилостивому отцу Илье Алексеевичу»), «На неподобных новожёнов» (Там же). В конце 1770 гг. Преображенское кладбище заняло ведущее положение в федосеевском согласии. И.А. Ковылин, официально никогда не являвшийся руководителем общины, пользовался большим влиянием не только в Москве, но и среди всех последователей старопоморства. Расширялась и украшалась территория богадельни. В 1784 г. были воздвигнуты соборная часовня в честь Успения Пресвятой Богородицы, жилые строения, где жили более тысячи призреваемых. В 1805–1808 гг. на мужской половине общины возвели надвратную Крестовоздвиженскую часовню. В 1805 г. на женском дворе появилось шесть каменных строений с моленными (по проекту архитектора Фёдора Кирилловича Соколова): Покровской, Всемилостивого Спаса, Преображенской (над вратами), Богоявленской (и преподобного Зотика) в больничных палатах, Успенской (а также Иоанна Богослова и Николы Чудотворца) и Ильинской. Все здания были сооружены из кирпича ковылинских заводов. И.А. Ковылин пожертвовал богадельне личное имущество в 300 тыс. руб. Он был известен как собиратель предметов древности, в частности икон. Во многом благодаря авторитету И.А. Ковылина число прихожан Преображенского кладбища достигло 10 тыс. человек. И.А. Ковылин вместе с единомышленниками разработал «Устав богаделенного дома на Преображенском кладбище», утверждённый 15 мая 1809 г., по которому старообрядческая община была освобождена от надзора духовной консистории. И.А. Ковылин был избран пожизненным попечителем Преображенского кладбища. Возвращаясь из Санкт-Петербурга после утверждения «Устава...», И.А. Ковылин заболел и вскоре скончался; погребён на Преображенском кладбище, надгробие сохраняется. Именем И.А. Ковылина названы переулок и тупик близ Преображенского кладбища в Москве. На Преображенском кладбище отмечалось 100-летие со дня смерти И.А. Ковылина: 21 августа 1909 г. были отслужены панихида в мужской летней моленной и лития на могиле. Полемические сочинения И.А. Ковылина выявлены и атрибутированы частично. Николай Иванович Попов опубликовал первый чин оглашения «входящих в православную веру»; «Статьи примирительные, поданные для подписания филипповскому наставнику Алексею Яковлеву (Балчужному)», 1780 г.; «Рассмотрение, кто от сотворённой твари паче всех согреши, на небеси и на земли», 1808 г. Ряд сочинений И.А. Ковылина обнаружил и издал Александр Иванович Мальцев: письмо Луке Терентьевичу в Саратов от 29 апреля 1808 г.; письмо Петру Федоровичу в Поморье от 23 февраля 1777 г.; «Поданные вопросы Ильёю Алексеевым в Москве тому же Алексею Яковлечу, что на Балчюге, в лето 7290».