В 1859 г. по предложению управляющего канцелярией Петра Ивановича Саломона структура канцелярии была разделена на четыре отделения – два судебных и два распорядительных, или административных, в 1864 г. к ним было добавлено ещё по одному судебному и распорядительному отделению. В каждом отделении состояло по одному обер-секретарю и одному секретарю. Общее число служащих обеих канцелярий (синодальной и обер-прокурорской) было сокращено с 1859 по 1872 гг.: в первой – с 59 сотрудников до 26, а во второй – с 31 до 22. Одновременно было увеличено денежное содержание чиновников и служителей, оно составило в среднем на одного служащего около 2,4 тыс. руб. в год (около 2,4 млн. руб. по современному курсу). О загруженности Канцелярии Святейшего Синода исследователи судят по следующим данным: в 1860 гг. в Синод в течение года поступало около 11 тыс. дел, по которым составлялось более 3500 протоколов и около 3800 журнальных статей. Часть дел выносилась на рассмотрение присутствия Синода. По делам, которые не рассматривались Синодом, составлялся журнал, который начинался так: «За небытием сего числа заседания в Святейшем Правительствующем Синоде, членам его докладывано в домах», иными словами, и в этом случае решение выносилось не без хотя бы формального ведения членов Синода. Помимо журналов и протоколов, в которые вносились постановления Синода, существовали другие виды делопроизводственных материалов, проходивших через Канцелярию Святейшего Синода. Законодательные акты по ведомству православного исповедания имели вид именных указов императора и Высочайших повелений, из Синода исходили определения, облечённые также в форму актов верховной власти: «По указу Его Императорского Величества Святейший Правительствующий Синод приказал...». Синод через свою канцелярию рассылал епархиальным архиереям, духовным консисториям и другим подчинённым учреждениям (в синодальные конторы в Москве и Тифлисе, в учебный комитет, хозяйственное управление, контроль при Синоде, духовно-училищный совет, типографскую контору, в ставропигиальные монастыри, духовные академии и т.д.) циркулярные или адресные указы, инструкции, приказы и выписки. С министерствами и другими высшими государственными учреждениями (кроме Сената) Синод сообщался через обер-прокурора. К императору Синод обращался посредством всеподданнейших докладов, докладных записок и представлений обер-прокурора. Обер-прокурор направлял в присутствие Синода предложения, из подчинённых учреждений в Синод через его канцелярию поступали представления, рапорты, донесения, отчёты, докладные записки и отзывы. Тексты документов, адресованных Синоду, начинались с общего титула: «Ваше Святейшество Святейший Синод». Деятельность Канцелярии Святейшего Синода прекратилась с упразднением Синода в январе 1918 г., последовавшим после введения патриаршества и избрания Тихона Патриархом Московским и всея России, учреждения и формирования новых органов высшей церковной власти – Священного Синода и Высшего Церковного Совета, к которым вместе с поместным Собором перешли его полномочия. При этом некоторые служащие Канцелярии Святейшего Синода вошли в состав канцелярии патриархии.