Кроме того, служащие подвергались штрафам за всякого рода проступки, например, опоздание на службу. Служащие являлись в канцелярию заниматься делами утром, за час до приезда членов Синода, находились там шесть часов до обеденного перерыва и ещё в послеобеденное время до вечера или до того времени, пока не будут подготовлены все документы для предстоящего на следующий день заседания Синода. Все бумаги, поступавшие в Синод (входящие), а также пересылаемые Синодом в другие учреждения (исходящие), просматривались одним из секретарей, который ставил на них номер и дату поступления или отправки, затем регистратор вносил документы в одну из регистрационных книг, или реестр. В особом реестре отмечали документы, поступившие из императорской канцелярии или из Сената. Дела решались на заседании Синода, нотариус протоколировал ход заседания, в который вносился точный текст принятого решения. Важнейшие исполнительные бумаги составляли секретари Синода, менее важные – канцеляристы. Копиисты переписывали бумаги с черновиков набело. Дела, которые поступали в Синод из подчинённых учреждений, в частности, из епархиальных контор, представлялись в виде обстоятельных докладов, снабжённых справками по делу. В Канцелярии Святейшего Синода проверялись наличие всех необходимых по делу бумаг и правильное соблюдение установленных форм. В случае нарушения формы Синод требовал повторного представления документации. После учреждения 11 мая 1722 г. должности обер-прокурора Канцелярия Святейшего Синода стала подчиняться обер-прокурору. Первым обер-прокурором и фактически директором Канцелярии Святейшего Синода был поставлен полковник Иван Васильевич Болтин. Впоследствии эту должность занимали как военные, так и гражданские чины. В XVIII в. это были, как правило, офицеры или чиновники шестого, пятого или четвёртого класса, в XIX в. в связи с повышением статуса обер-прокуратуры – четвёртого, третьего и даже второго класса. Отдельной канцелярии обер-прокурора не существовало до 1836 г., так что Канцелярия Святейшего Синода была исполнительным учреждением не только Синода, но и его обер-прокурора. По докладу обер-прокурора графа Николая Александровича Протасова в 1836 г. была учреждена отдельная канцелярия при обер-прокуроре в составе директора, двух секретарей, двух помощников секретаря, журналиста, экзекутора и восьми канцелярских служащих. Канцелярия Святейшего Синода во главе с управляющим осталась также в подчинении обер-прокурора. Отдельные дела проходили через одну из этих двух канцелярий, но многие – через обе канцелярии, которые представляли собой подобие двух департаментов министерства. Не входя напрямую в комитет министров, обер-прокуроры с 1803 г., когда на эту должность был назначен князь Александр Николаевич Голицын, приобрели статус, аналогичный министерскому, включая еженедельный доклад императору по делам своего ведомства.