В 1909 г. под руководством М.Е. Красножена студентами юридического факультета Сергеем Петровичем Сахаровым и Фёдором Ивановичем Суетовым были подготовлены две работы о деятельности Предсоборного присутствия, сохраняющие актуальность. Первая часть работы С.П. Сахарова «Подготовительные работы к созванию Всероссийского Собора: Труды первого отдела Предсоборного присутствия» была опубликована в томе 16 «Сборника Учёно-литературного общества при Юрьевском университете за 1910 г.»; вторая часть «О Предсоборном присутствии: Труды второго, третьего и четвёртого отделов Предсоборного присутствия 1906 г.» первоначально была напечатана в «Полоцких епархиальных известиях» за 1912 г., а затем – отдельным изданием в том же году в Витебске. Эта же часть вошла в тома 21 и 22 «Сборника Учёно-литературного общества при Юрьевском унивсерситете за 1915 г.». Двухтомник С.П. Сахарова «О Предсоборном присутствии» вышел в свет в Юрьеве в 1915 г. Ученик М.Е. Красножена С.П. Сахаров стал крупнейшим историком Латвийской православной церкви и русским педагогом в межвоенной Латвии. Труд Ф.И. Суетова «О высочайше утверждённом при Священном Синоде особом присутствии для разработки вопросов, подлежащих рассмотрению Всероссийского Собора» (Юрьев, 1911 г., оттиск из «Учёных записок Юрьевского университета») был переиздан в «Журналах и протоколах Высочайше утверждённого Предсоборного присутствия» (2015 г., том 4). В лекциях по церковному праву М.Е. Красножен стремился пробудить у студентов интерес к правовым аспектам истории церкви и проблемам народного образования, тесно связанного с жизнью сельских приходов. Его учебник по церковному праву, рекомендованный духовным семинариям, переиздавался три раза. В 1909–1910 гг. министр народного просвещения назначил М.Е. Красножена председателем юридических испытательных комиссий в Юрьевском и Томском университетах. В 1911 г. к 25-летнему юбилею службы М.Е. Красножена, отмечавшемуся 23 ноября, было издано двухтомное собрание его сочинений. В числе поздравителей были архиепископ Волынский и Житомирский Антоний (Храповицкий), архиепископ Финляндский и Выборгский Сергий(Страгородский), епископ Рижский и Митавский Иоанн (Смирнов), Александр Иванович Алмазов, Яков Иванович Бердников, Пётр Евгеньевич Казанский, Стефан Григорьевич Рункевич, Иван Иванович Соколов, ректор университета Виссарион Григорьевич Алексеев. Николай Никанорович Глубоковский отмечал, что М.Е. Красножен около 18 лет провёл на Юрьевской кафедре в «постоянной борьбе за «единство, нераздельность и цельность России», но всегда с честью для себя и со славою для русских православных начал». М.Е. Красножен – кавалер орденов святого Владимира третьей (1913 г.) и четвёртой (1908 г.) степени, святой Анны второй (1902 г.) и третьей (1895 г.) степени, святого Станислава второй степени (1901 г.). Награждён медалями в память царствования Александра III и в память 300-летия Дома Романовых, нагрудным знаком в память 50-летия утверждения судебного устава. 1 января 1910 г. произведён в действительные статские советники. 31 марта 1911 г. признан в потомственном дворянском достоинстве. М.Е. Красножен был женат на Елизавете Игнатьевне, урождённой Соловьёвой, дочери коллежского регистратора, имел сына Александра и дочь Елизавету. В 1916 г. М.Е. Красножен был в последний раз утверждён деканом юридического факультета на четырёхлетний срок. Когда Юрьевский университет эвакуировался в Воронеж, М.Е. Красножен был избран для работы в качестве эксперта по церковному праву на поместном Соборе Православной Российской церкви 1917–1918 гг. О дальнейшей судьбе М.Е. Красножена исследователи сведений не обнаружили.