После отказа М.Е. Красножена от должности декана в новооткрытом Томском университете 8 декабря 1898 г. он был оставлен в Юрьеве и назначен деканом юридического факультета. С 9 июня 1898 г. М.Е. Красножен – староста университетской Александро-Невской церкви (не сохранилась), с 1 декабря 1901 г. – почётный мировой судья Юрьево-Верроского округа. Пользуясь уважением коллег, неоднократно переизбирался на эти должности. С 1899 г. М.Е. Красножен состоял товарищем председателя Учёно-литературного общества при Юрьевском университете, с 5 октября 1902 г. руководил обществом. М.Е. Красножен состоял в должности товарища председателя, а с 9 февраля 1903 г. – председателя Общества для пособия нуждающимся студентам Юрьевского университета, также был товарищем председателя Русской публичной библиотеки в Юрьеве. 22 апреля 1901 г. М.Е. Красножен защитил в Казанском университете докторскую диссертацию «Иноверцы на Руси: Положение неправославных христиан в России». 7 мая 1901 г. был утверждён в докторской степени Советом универститета; 26 июня в Юрьевском университете утверждён в должности ординарного профессора церковного права. Выводы диссертации были восприняты неоднозначно и встретили не только поддержку (профессор Илья Степанович Бердников), но и критику (профессор по истории русского права Николай Павлович Загоскин) со стороны коллег. В 1902 г. М.Е. Красножен предпринял попытку занять вакантную кафедру церковного права в Санкт-Петербургском университете, но девятью голосами против восьми его кандидатура была отклонена, хотя он был единственным претендентом и имел положительные отзывы специалистов о своих сочинениях. М.Е. Красножен связывал неудачу со своими славянофильскими и «националистическими» взглядами (одним из псевдонимов М.Е. Красножена было «Русский») и с близостью к бывшему ректору Юрьевского университета слависту Антону Семёновичу Будиловичу, известному монархисту и «реакционеру». «Итак, в России нельзя быть православным русским человеком. Дальше идти некуда!!» – так завершил М.Е. Красножен свою брошюру «Тернии и плевелы в наших университетах», изданную в 1905 г. Научная, общественная и публицистическая деятельность М.Е. Красножена активизировалась после 1905 г. Особенностью Юрьевского университета было то, что он имел характерный для западных университетов собственный устав, а также богословский факультет; в Юрьеве обучалась значительная часть неправославных студентов (44–63% от общего числа учащихся в начале ХХ в.). М.Е. Красножен стремился к упразднению богословского факультета и к созданию кафедры церковного права, допуская компромиссный вариант, который и был реализован – учреждение кафедры в рамках существовавшего факультета. М.Е. Красножен выступал поборником университетского устава 1884 г., реформы Юрьевского университета по образцу российских высших учебных заведений, уничтожения корпоративной студенческой системы. Поддерживал приём семинаристов, предлагал меры по улучшению материального положения как студентов, так и лиц, оставленных при университетах для подготовки к профессорскому званию, т.е. магистрантов, по образцу духовных академий. По мнению М.Е. Красножена, следовало сохранить государственные и восстановить курсовые экзамены, а также штатную доцентуру; считал, что система назначений, а не выборов ректора и деканов полезна для преодоления партийности.