В 1890 г. Д.Ф. Касицын был избран членом городского Училищного совета и активно занимался народным образованием в Москве. В том же году был награждён камилавкой, в 1892 г. – золотым наперсным крестом, возведён в сан протоиерея и удостоен звания заслуженного профессора. С 1892 г. – действительный член Общества любителей духовного просвещения. Публиковал статьи в «Русском вестнике», а также в университетской газете «Московские ведомости», в которой руководил «духовным направлением». Будучи ревностным пастырем, Д.Ф. Касицын открыл отделение Елисаветинского благотворительного общества, инициировал учреждение церковноприходского попечительства, ставшего одним из наиболее значимых и деятельных в Москве. Благотворители братья Лосовы, купили в 1890 г. книжное собрание Феофана Затворника и предоставили помещение, и Д.Ф. Касицыну удалось организовать бесплатную церковноприходскую библиотеку, которой он жертвовал свои книги, за её деятельностью настоятель следил лично. Современники отмечали глубокую религиозность Д.Ф. Касицына, любовь к богослужению и истовое пастырское служение. Так, по пятницам Великого поста он исповедовал всех прихожан, оставаясь в храме до полуночи. Панихиды по Д.Ф. Касицыну служил епископ Виссарион (Нечаев), а также все викарии Московской епархии: Можайский  епископ Парфений (Левицкий), Дмитровский епископ Трифон (Туркестанов), Волоколамский епископ Арсений (Стадницкий) и высшее московское духовенство. Отпевание Д.Ф. Касицына в Никольском храме в Толмачах 7 декабря возглавил епископ Виссарион. Похоронен Д.Ф. Касицын на Даниловском кладбище в Москве. Сын Д.Ф. Касицына Василий был известным в начале XX в. педагогом, преподавал в гимназии математику, затем открыл свою частную мужскую гимназию в Черниговском пер. в Замоскворечье. Наиболее значимым является сочинение Д.Ф. Касицын по расколам первых веков христианства: монтанизму, донатизму, новацианству. Среди причин, побудивших обратиться к этой теме, автор назвал церковно-практические реалии. «Последователи лютеранства и реформаторства очень часто высказывают притязания на восстановление в своих обществах первохристианства во всей его чистоте», но «не понимают его сущности». Главным противоречием идеалам древнего христианства Д.Ф. Касицын считал «принцип индивидуализма и субъективизма» в делах веры, провозглашаемый протестантизмом. Христос же, совершив дело искупления человека, благоволил, чтобы все верующие в Него устроили «одно общество, едино тело, един дух» – Церковь Христову, которая не может существовать на принципах индивидуализма и субъективизма. Богословское учение о церкви, о том, что заключено в понятии «Христова», осмыслялось постепенно, в связи с неправильным пониманием того или иного аспекта. Самым сложным для осмысления и вызвавшим особенно много недоумений, лжеучений и борьбы Д.Ф. Касицын считал учение о святости церкви. Расколы первых веков христианства (монтанизм, новацианство, донатизм) побудили отцов и учителей церкви с особенной ясностью раскрыть учение о святости церкви, этот аспект Д.Ф. Касицын считал наиболее важным в полемике с протестантами. В борьбе древней церкви с расколами ставились вопросы, актуальные и для современности: «Что такое Церковь «proprie et principaliter»? в чём Её существо? в каком смысле верующие во Христа «святые»», что такое «тело Христово», «царство святых», и кто такие «духовные».