По грамоте царя Фёдора Алексеевича обители было дано «порозжее место в Белом городе на Смоленской улице» в Москве под строительство подворья (Отдел письменных источников Государственного исторического музея). В монастыре устроили келарскую и «житенную» службы, квасоварню, сушильню, швальню, сапожную, чернильную. Корнилий трудился вместе с монахинями на послушаниях, учил инокинь шить одежду (в том числе шубы), обувь, рубить дрова, класть печи, изготавливать фонари, окна и келейную мебель. Для больных и немощных монахинь устроил больницу, которую посещал каждую неделю. При обители существовала школа для девочек-сирот, где их обучали грамоте и ремеслу. Для нищих и странников в монастыре регулярно устраивали трапезы. На средства благотворителей в обители были построены Сретенская церковь с больничными кельями при ней, трапезная, каменные кельи для монахинь и часть каменной ограды. При Корнилии был заложен надвратный храм во имя Феодора Стратилата. Днём на строительстве трудились наёмные рабочие, ночью – монахини под присмотром Корнилия. Ленивым инокиням, как сообщает «Летопись…», строгий Корнилий «в горб подаваше, а иногда жезлом погоняше». При перестройке Успенской церкви, когда монахини ломали стену трапезной, на них обрушилась груда камней, однако по молитвам Корнилия все остались живы (Чудо 13 «Сказания о Пресвятой Богородицы Успения...»). В 1667 г., после кражи неизвестными злоумышленниками утвари из алтаря, была вновь освящена Успенская церковь. В начале XX в. в храме находился крест с памятной надписью: «Освятися сей алтарь Господа нашего Иисуса Христа во храме Пресвятыя Богородицы честнаго и славнаго Ея Успения в девиче монастыре, что в Александровой слободе, лето 7175/1667 августа в 14 день при благоверном царе и великом князе Алексее Михайловиче всея Русии, при Патриархе Иоасафе втором, при духовнике строителе иеромонахе Корнилии, при игумении Анисии». Деятельность Корнилия как духовника нескольких обителей была направлена на поддержку осуществлявшихся в середине XVII в. богослужебных реформ. В 1667 г. по указу царя Алексея Михайловича и патриарха Иоасафа II Корнилию и старцу Феофану было велено «Феодоровский девичь монастырь строить» и ввести там общежительный устав. В Феодоровской обители тогда находилось 150 монахинь. Корнилий жаловался в приказ Большого дворца, что монахини не ходят к нему на исповедь, отказываются приобщаться Святых Христовых Таин, самовольно покидают обитель и подолгу живут в домах мирян, где молятся по старым, неисправленным книгам. В указе от 12 декабря 1667 г. патриарх велел непокорных монахинь отправлять в Успенский монастырь и держать их там «под крепким началом» (Отдел письменных источников Государственного исторического музея).