5 октября 1923 г. ЦИК Крымской АССР принял постановление о закрытии храмов монастыря Космы и Дамиана и передаче территории обители под трудовую колонию. В декабре 1923 г. в монастырь перевели колонию инвалидов имени Михаила Ивановича Калинина, находившуюся в ведении Народного комиссариата соцобеспечения. Но 3 января 1924 г. постановлением Крымского ЦИК территория обители перешла в ведение Крымского заповедника. Тем же постановлением было разрешено оставить артель монахинь на территории заповедника до 1 апреля 1924 г. 17 июня того же года администрация артели инвалидов, которую переселили из монастыря Космы и Дамиана в Кизилташский во имя святителя Стефана Сурожского монастырь, пожаловалась на руководство заповедника, якобы оно «покрывает монахинь». В частности, в жалобе указывалось, что сёстры нелегально устроили в бывшей просфорной престол, алтарь и совершали там молебны. 21 марта 1925 г. уполномоченные трудовой артели монахини Евгения (Тищенко) и Вирсавия (Полазникова) в письме главе Крымского ЦИК просили продлить им аренду сада и гостиницы обители. 13 апреля сёстрам ответили отказом, а Центральное админуправление НКВД Крыма потребовало выселить их за «вредную деятельность» по «разжиганию религиозных суеверий». Однако за монашескую артель вступилась Главнаука Наркомпроса РСФСР, давшая 9 мая распоряжение Крымскому заповеднику о приостановке выселения. 2 февраля 1926 г. Комиссия по вопросам культов при Президиуме Крымского ЦИК приняла решение о роспуске сельскохозяйственной артели. Но 30 марта того же года прокуратура Крыма вынесла постановление о необоснованности выселения монахинь ввиду отсутствия в деятельности артели уголовно наказуемых действий (Государственный архив Республики Крым). Окончательное упразднение общины монастыря Космы и Дамиана, продолжавшей неофициально действовать под видом трудовой артели при новообразованном Крымском заповеднике, состоялось в 1927 г. В Космодамиановском храме разместили естественно-исторический музей, в Преображенской церкви – клуб Крымского заповедника, в каменной часовне с купальней предполагалось устроить инкубаторий для разведения мальков форели. Во время Великой Отечественной войны были разрушены все постройки монастыря, кроме каменной часовни, а также царский охотничий домик. Около 1942 г. Благовещенский храм бывшего Симферопольского подворья был открыт как приходская церковь. 29 июля 1992 г. монастырь Космы и Дамиана был возрождён как мужской. 26 апреля 1994 г. был подписан документ о передаче Симферопольскому и Крымскому епархиальному управлению в безвозмездное пользование здания часовни с источником и земельного участка монастыря. 14 июня 1994 г. архиепископ Симферопольский и Крымский Лазарь (Швец) отслужил в часовне праздничную литургию. К 2015 г. в помещениях, построенных на месте прежних монастырских, находятся зимний храм святых Космы и Дамиана и кельи. В 1995 г. открыто подворье в посёлке Партенит Алуштинского горсовета с двухпрестольным храмом: в честь иконы Божьей Матери «Всецарица» (верхний) и св. Иоанна Готского (нижний). С 1997 г. трудами братии обители открыт Александро-Невский храм при бывшей усадьбе Гагариных близ санатория «Утёс» рядом с Алуштой. В 1999 г. в селе Изобильном Алуштинского района было открыто подворье с храмом преподобного Афанасия Печерского (в 2011 г. преобразовано в приход). Главной святыней монастыря Космы и Дамиана является икона святых Космы и Дамиана с частицей мощей. Наместник монастыря архимандрит Маркелл (Мисюра) утверждён в должности 23 декабря 2010 г. решением Синода УПЦ. В обители проживает несколько насельников.