Активное участие в обустройстве монастыря Космы и Дамиана принимал благочинный монастырей Таврической епархии архимандрит Евгений, по ходатайству которого 1 июля 1862 г. епископ Таврический и Симферопольский Алексий (Ржаницын) перенёс в храм монастыря Космы и Дамиана частицы мощей святых Космы и Дамиана; их вложили в храмовую икону обители. Киновия находилась в труднодоступном ущелье, окружённом горами и лесом. Повседневная жизнь первых насельников была многотрудной. Все необходимые продукты и строительные материалы иноки закупали в Симферополе (за 45 вёрст) и доставляли по горным тропам в обитель на плечах. 19 марта 1851 г. Высочайшим повелением по ходатайству Иннокентия (Борисова) для монастыря было отмежевано 4 десятины земли из лесной казённой дачи рядом с источником, в 1872 г. царским указом – ещё 19 десятин земли. Но «шиферная» почва вокруг киновии была непригодной для земледелия, огородничества, горные склоны покрыты густым лесом, поэтому невозможно было устроить пастбища. Братия ежегодно арендовала у правления государственным имуществом Таврической губернии сенокосные поляны, располагавшиеся в горах среди леса. Монахи на руках переносили сено с этих полян в долины, а затем на повозках доставляли в монастырь. Краевед-путешественник Евгений Львович Марков, посетивший монастырь в конце 1860 гг., писал, что при обители было «невозможно возделывать даже огородные овощи, а зимой снега до такой степени заносят монастырек и подступы к нему, что иногда по нескольку недель он остаётся погребённый под сугробами». Настоятель иеромонах Макарий помимо ежедневного служения литургии трудился при строительстве новых келий, рубил лес, пешком ходил за покупками в Симферополь и отдалённые селения, радушно общался с местным населением, с татарами, греками; Макарий был похоронен в притворе монастырской Преображенской церкви (в 1880 г. на его могилу была положена мраморная плита). 30 ноября 1876 г. указом епископа Таврического Гурия (Карпова) монастырь Космы и Дамиана возглавил игумен Парфений (Калинин; ум. 19 февраля 1882 г.), при котором в обители были построены деревянная зимняя церковь в честь Преображения Господня (освящена 14 сентября 1878 г.), два братских корпуса (1876 г.), дом для мастерской (1877 г.). В мае 1879 г. по прошению вследствие болезни игумен Парфений был освобождён от занимаемой должности и перемещён в число братии Балаклавского во имя великомученика Георгия Победоносца монастыря. К 1891 г. в монастыре Космы и Дамиана были построены настоятельский корпус с кладовой (1890 г.), три братских корпуса, две гостиницы, трапезная с кухней, баня (1880 г.), помещение для экипажей с конюшней и деревянная торговая лавка (1890 г.). В 1891 г. над источником вместо деревянной была возведена каменная часовня святых Космы и Дамиана. В центре часовни находился небольшой каменный резервуар, наполняя который, вода стекала в обширный деревянный бассейн-купальню. Она разделялась на мужскую и женскую половины. Ко дню празднования св. бессребреников (1 июля) в монастырь Космы и Дамиана прибывало множество богомольцев.