Согласно глубокому убеждению автора, система названных им приёмов в канонической иконописи является единственной возможной основой её художественного языка. «Но мы знаем, – признавал В.А. Комаровский, – что есть благодатные и чудотворные иконы живописные, но это только означает, что «Дух дышит идеже хощет», но этот факт не опровергает того, что наиудобнейшим приёмником Духа является тело иконописное». По мнению В.А. Комаровского, «все иконы Андрея Рублёва почитались чудотворными, вероятно, не только за святость писавшего, но и потому, что взаимная необходимость и цельность всех отдельных элементов в его творчестве достигали той высоты, которая присуща Божественному». Основная задача современного церковного художника – «не только усвоить технические приёмы» по древним образцам, но и «войти в сферу свободной композиции», создавая самостоятельные творческие произведения. В.А. Комаровский весьма скептически относился к практике копирования при создании икон: «Чтобы подготовить путь к иконописи творческой, нужно совсем другое – осознание законов пластической формы по существу…» Неприемлема для него была и изощрённая стилизация икон «под древность», широко распространённая в русском церковном искусстве конца XIX – начала XX вв.: «Суррогат иконописи, дающий иллюзорный вкус высокого стиля, и лицемерен, и вреден. Пусть уж иконопись будет убога, но правдива». Особенностью «Письма…» исследователи называют перспективное для дальнейших исследований учение о «диатаксисе» – способе различных уровней созерцания образа. В подготовке этого теоретического труда, не утратившего актуальности и в настоящее время, значительную роль сыграл священник П.А. Флоренский, который принимал деятельное участие в обсуждении и окончательном редактировании текста. Осенью 1930 г. В.А. Комаровский провёл около пяти недель в московских тюрьмах. C 1931 г. проживал в посёлке Жаворонки Московской области. Зимой 1934 г. был арестован, освобождён через два месяца благодаря ходатайству Павла Дмитриевича Корина и Алексея Максимовича Горького. Вместе с ним был подвергнут аресту его 18-летний сын Алексей, приговорённый к трём годам лагерей. До 1937 г. В.А. Комаровский работал в издательствах, участвовал в росписи интерьера Казанского вокзала в Москве (по эскизам Евгения Евгеньевича Лансере), создал ряд монументальных композиций (панорама Москвы в Геологическом музее, серия декоративных панно в детском санатории «Ярополец» и др.), картины из серии «Сказки Пушкина» для павильона игрушек в Измайловском парке, эскизы росписи актового зала Московского университета на Моховой. К 1936 г. исследователи относят последнюю церковную работу В.А. Комаровского – роспись алтаря кладбищенской церкви в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» в Рязани (в настоящее время под поздней масляной записью). 27 августа 1937 г. В.А. Комаровский был арестован по сфабрикованному обвинению как «участник контрреволюционной монархической организации церковников, последователей Истинно-Православной Церкви». Расстрелян, похоронен в общей могиле на Бутовском полигоне. Реабилитирован в 1960 г. Среди современных иконописцев В.А. Комаровский почитается как страдалец за веру. В день его гибели служат панихиды; получают распространение изображения В.А. Комаровского, выполненные в иконописной технике.