Иеродиакон Зосима возобновил преподавание в латинских классах («фара» и «инфима») и мог «учением произвесть учеников до риторики». В октябре 1739 г. иеродиакон Зосима вернулся в Заиконоспасский монастырь. В 1738–1739 гг. в Коломенской духовной семинарии учились 24 человека, программа по-прежнему сводилась к «букваря грамматике словесной да элементарям латинским». В «славено-российских» классах обучались 13 человек, в латинских – 11 человек. Причина малочисленности заключалась не столько в материальных затруднениях или отсутствии преподавателей, сколько в устойчивой непопулярности образования среди духовенства. В 1740 гг. в Коломенскую семинарию поступили на работу учителя из выпускников Киевской духовной академии, набор дисциплин обогатился грамматикой, синтаксисом, пиитикой и риторикой, при этом учащихся было мало. После перевода учеников из низших классов («фары» и «инфимы») в высшие оказалось, что в низших классах осталось по пять учеников и пополнить их число невозможно, т.к. клирики всячески уклонялись и не посылали своих детей на учёбу. В 1771 г. в Коломенской духовной семинарии было введено преподавание философии, которое осуществлял иеромонах Спасского монастыря Арсений (Тодорский), в 1772 г. к преподаванию богословия приступил ректор семинарии архимандрит Голутвина монастыря Иакинф (Карпинский). Состояние Коломенской духовной семинарии подробно описано в ведомостях Коломенской консистории от 2 июня 1788 г. Возглавлял семинарию ректор игумен серпуховского Высоцкого монастыря Геннадий. В семинарии обучались 322 человека. Кроме латинских классов преподавали толкование Евангелия, катехизис, физику, «о должностях человека» (нравственное богословие), историю, географию, арифметику и языки: греческий, немецкий и французский. На содержание семинарии отпускалось 2 тыс. руб. Выплата содержания ученикам производилась по остаточному принципу: «...Сколько за выдачею учителям жалования и за другими расходами остаётся семинарской суммы, неравное». Не получали «жалованья» учащиеся информатории (низших классов «фары» и «инфимы»), а также студенты, «имеющие указы о владении жребия», т.е. получившие указ о зачислении в клир какой-либо церкви. Первоначально Коломенская духовная школа помещалась в доме Коломенского епископа. В 1751 г. сообщается о школе в Бобренёвом монастыре, являвшемся в то время загородным подворьем Коломенского архиерея; переезд школы туда состоялся, по мнению исследователей, после пожара 7 мая 1739 г., уничтожившего большую часть города. В 1766–1770 гг. были планы построить для семинарии здание «в городе Коломне при Бельском озерке», на территории загородного двора Коломенского архиерея. Была выделена земля, но строительство не начали из-за отсутствия средств, и семинария вновь оказалась в архиерейском доме. Вместе с переводом епископской кафедры из Коломны в Тулу в 1799 г. была переведена и семинария. Пятнадцатый пункт Высочайше утвержденного доклада Святейшего Синода «О приведении епархиальных границ сообразно границам губерний и об учреждении новых епархий» от 16 октября 1799 г. предполагал открытие семинарий во вновь учреждённых епархиях лишь после решения всех вопросов по устроению самой кафедры. Исключение делалось лишь для семинарии в Туле: она должна была открыться сразу после перемещения кафедры, сумма, предназначенная на финансирование Коломенской семинарии, переводилась в Тулу. Переезд семинарии состоялся 5 февраля 1800 г. В 1799–1917 гг. в Коломне существовало Коломенское (первоначально Голутвинское) духовное училище.