Стремление Ричарда Кокса к последовательным протестантским реформам проявилось и во время его правления в Илийском диоцезе. Он часто проводил визитации, отстранял от службы недостаточно компетентных священников и тех, кто отсутствовал, инициировал ремонт многих церквей и снабжение их протестантской литературой, что уже в 1565 г. позволило ему добиться улучшений в жизни епархии, находившейся в конце 1550 гг. в состоянии упадка. С 1568 г. основные усилия Ричарда Кокса были направлены на борьбу с католическими пережитками, как он их понимал. С этой целью он инструктировал визитационные комиссии, чтобы они удаляли из церквей «образы, кресты, чаши для святой воды, хоры» и другие «памятники суеверия». Он побуждал священников больше проповедовать и активнее наставлять мирян в истинной вере. Кроме того, его администрация следила за тем, насколько регулярно прихожане посещают церковь. К 1577 г. в диоцезе Или почти не осталось католиков, отказывавшихся посещать службы в Церкви Англии (рекюзантов). В то же время Ричард Кокс заслужил репутацию человека бескомпромиссного и крайне жёсткого по отношению к несогласным, причём не только из числа католиков. В 1576 г., когда архиепископ Кентерберийский Эдмунд Гриндал спрашивал епископов об их отношении к так называемым пророчествам – собраниям, участники которых толковали Библию, Ричард Кокс отозвался о них крайне резко, назвав их бесполезными и даже вредными. В середине 1570 гг. Ричард Кокс был вовлечён в конфликт с участием Кристофера Хаттона, фаворита Елизаветы I, и Р. Норта, придворного королевы, претендовавших на два владения епископа Или (Или-Плейс в Холборне и Сомершем в Хантингдоншире; ныне в составе графства Кембриджшир). Он отказался передать их и обратился к королеве, пытаясь убедить её, что утрата этих владений значительно повредит диоцезу. В ответ Р. Норт обвинил его в своекорыстии и представил Тайному совету около 50 жалоб на различные нарушения, допущенные Ричардом Коксом при управлении епархией (они содержали финансовые претензии держателей владений в окрестностях Или). Исследователям неизвестно, в какой степени выдвинутые обвинения соответствовали действительности, однако Тайный совет счёл их недостаточными. В результате Ричарду Коксу удалось сохранить Сомершем, хотя Или-Плейс в 1577 г. всё же перешёл Кристоферу Хаттону. Эта тяжба и другие конфликты вынудили Ричарда Кокса оставить кафедру в феврале 1580 г. Он получил пенсию, а также усадьбу в Доддингтоне (современное графство Кембриджшир), но соглашение об уходе на покой не было ратифицировано – Ричард Кокс умер епископом.