Опираясь на критические замечания Жана Кальвина о «Книге общих молитв», группа английских протестантов во главе с приехавшим из Женевы Джоном Ноксом (1505–1572 гг.) пыталась убедить других членов общины в необходимости реформирования вероучения по кальвинистскому образцу. Ричард Кокс, как и прибывший одновременно с ним Джон Джуэл, выступил против них. Компромисс так не был достигнут, но в конце марта 1555 г. Ричард Кокс и его сторонники обвинили Джона Нокса за одну из его проповедей в измене императору, и Джон Нокс был вынужден покинуть Франкфурт. О дальнейшем пребывании Ричарда Кокса на континенте исследователям известно мало: исследователи полагают, что он жил, в основном, во Франкфурте, не занимая должностей в английской церковной общине, а также провёл некоторое время в Страсбурге, в конце 1558 г. был в Вормсе. Ричард Кокс вернулся в Англию вскоре после смерти королевы Марии I Тюдор в ноябре 1558 г. Входил в число проповедников, выступавших при дворе в первые месяцы правления Елизаветы Тюдор, а также участвовал в публичном диспуте между католиками и протестантами, организованном в Вестминстере 31 марта 1559 г. В начале лета того же года Ричард Кокс был назначен членом визитационной комиссии, направленной в Оксфордский университет, а вскоре после этого был избран епископом Нориджским. Однако уже 28 июля его избрали епископом Или (рукоположение состоялось 21 декабря). Ричард Кокс наряду с другими епископами из числа вернувшихся изгнанников (Эдмундом Гриндалом, Эдвином Сандисом и Джоном Джуэлом) был сторонником дальнейшего реформирования Церкви Англии и последовательной борьбы с установлениями, которые протестанты рассматривали как католические пережитки. Так, известно, что уже осенью 1559 г. – весной 1560 г. он принял участие в споре о допустимости нахождения Распятия в королевской часовне, которое наиболее радикально настроенные протестанты считали проявлением идолопоклонства. Ричард Кокс отказался совершать богослужение, пока в часовне «остаются свечи и крест», апеллируя в письме королеве ко второй заповеди. Несмотря на то, что его аргументы в целом соответствуют точке зрения епископов, выступавших за удаление Распятия, некоторые исследователи склонны полагать, что Ричард Кокс, как и архиепископ Кентерберийский Мэтью Паркер, всё же согласился с возможностью помещения Распятия в часовне (хотя оно крайне нежелательно) из лояльности к королеве.