В 1546–1547 гг. оба этих владения были переданы оксфордскому Крайст-Черч-колледжу, президентом которого в 1546–1553 гг. также был Ричард Кокс (патронат над Харроу в 1547 г. перешёл Э. Норту). Ричард Кокс был учителем принца Эдуарда (до 1550 г.) и с июля 1544 г. занимал должность раздающего милостыню (almoner) от его лица. После прихода Эдуарда VI к власти в 1547 г. и связанных с этим перемен в английской церковной жизни карьера Ричарда Кокса, который придерживался протестантских взглядов, стала более успешной. В апреле 1548 г. он был назначен каноником часовни св. Георгия в Виндзорском замке, а в октябре 1549 г. – деканом Вестминстерского аббатства. Несмотря на то что Ричард Кокс не имел епископского сана, его ответы на вопросы о совершении литургии, заданные в начале правления Эдуарда VI, предполагалось использовать для реформирования богослужения. Позднее он вошёл в состав Виндзорской комиссии, занимавшейся ревизией вероучения церкви Англии и подготовкой «Книги общих молитв» 1549 г., а также других документов. Кроме того, Ричарда Кокса неоднократно привлекали к проведению визитаций; он был членом нескольких комиссий, занимавшихся реформированием канонического права и подготовивших к 1552 г. проект нового свода – «Reformatio Legum Ecclesiasticarum», который так и не был принят. С мая 1547 г. по ноябрь 1552 г. Ричард Кокс занимал должность канцлера Оксфордского университета. Активно боролся с католическими пережитками в университете (в частности, в ходе визитации 1551 г.), а также покровительствовал протестантским богословам, приезжавшим в это время в Англию из континентальной Европы. Благодаря его протекции некоторые из них (например, Пётр Вермилий, с которым Ричард Кокс поддерживал дружеские отношения до его смерти в 1562 г.) получили кафедры в Оксфорде и играли важную роль в жизни университета. В 1553 г., после смерти Эдуарда VI, Ричард Кокс был арестован по подозрению в участии в заговоре Джона Дадли, герцога Нортамберлендского, пытавшегося отстранить Марию I Тюдор от наследования престола и передать корону Джейн Грей, кузине умершего короля. По этой причине, а также из-за начала в Англии Контрреформации Ричард Кокс был лишён всех должностей и в августе 1553 г. провёл несколько недель в тюрьме Маршалси. В мае 1554 г. он вместе с Эдвином Сандисом (впоследствии архиепископ Йоркский) бежал из Англии в Антверпен, а в середине марта 1555 г. переехал во Франкфурт. Здесь он принял активное участие в споре о «Книге общих молитв» и порядке совершения литургии, который разгорелся внутри английской общины в 1554 г.