Исследователи отмечают, что внешние членения и декор храма в целом выявляют внутреннюю тектоническую структуру памятника. Например, монументальные карнизы основного объёма и закомар, а также «пьедестал» барабана (с выведенным в кирпиче декором в виде второго яруса закомар) отвечают конструкции сводов и арок. Ниши нефа обозначены снаружи специфической кровлей и высокими декоративными аркатурами. Фасады богато украшены чередующимися полосами оштукатуренного камня и красного, уложенного в три ряда кирпича. По вертикали фасады разделены сдвоенными полочками на три зоны с преобладанием декоративного убранства в верхней («пилообразные» карнизы, резные каменные арки, узкие утоплённые колонки, розетки и декоративные наличники окон). Исследователи отмечают, что по архитектурным особенностям церковь Святой Троицы примыкает к сербским памятникам долины Моравы, наиболее всего к храмам монастырей Раваница и Лазарица (Крушевац) времени правления князя св. Лазаря (1370–1389 гг.), которые, по мнению исследователей, послужили образцом для Козии не только с архитектурно-типологической, но и с функциональной точки зрения. Так, в Козии повторено включение в архитектурный ансамбль господарского некрополя (с могилой Мирчи Старого в нартексе; надгробная плита – копия 1938 г.). К новшествам исследователи относят обширный, одной высоты с основным объёмом нартекс, который в дальнейшем станет характерной чертой румынских триконховых храмов. В 1517 и 1706–1707 гг. велись работы по обновлению внутренней росписи храма, повторно – в 1750 и в 1827 гг. Первоначальные фрески (между 1 сентября 1390 г. и 31 августа 1391 г.) сохранились только в нартексе, стены которого украшены полным циклом минология (не сохранились или частично сохранились изображения на январь, март, май, июль). По мнению исследователей, система расположения по месяцам в Козии отличается от схемы росписи в основной группе настенных минологиев балканских памятников. В календарном цикле Козии годовой круг имеет развитие по спирали. На каждой из четырёх плоскостей комплекс миней разбит по горизонтали на восемь рядов и начинается в верхней точке в южной части свода, затем переходит в иллюстрации следующего месяца на соседний участок стены и, постепенно снижаясь, заканчивается в нижнем регистре минология на восточной стене: на южной стене – сентябрь (три ряда), на тимпане западной стены – октябрь (четыре ряда), на северной – ноябрь (три ряда), на тимпане восточной – декабрь (четыре ряда), на южной – январь (три ряда), на западной – февраль (два ряда), на северной – март (три ряда), на восточной – апрель (два ряда), на южной – май (три ряда), на западной – июнь (два ряда), на северной – июль (три ряда), на восточной – август (два ряда). Таким образом, месяцы нечётные и чётные оказываются друг напротив друга. Состав святых в минологии традиционен для памятников византийского круга. Под календарным циклом по периметру нартекса представлены сцены на темы Вселенских соборов (на южной, западной и северной стенах в один ряд) и Акафиста Божьей Матери (на восточной стене в два ряда). В контексте календарного цикла подобное объединение нескольких тем, отмечаемое исследователями в более ранних памятниках (например, в церквах Николая Орфаноса в Фессалонике (1309–1319 гг.), великомученика Георгия в Старо-Нагоричино (1317 г.), в Марковом монастыре (1376 г.), связано с годовым следованием православного богослужения.