В центральном нефе сохранился амвон традиционного для коптского искусства вида. Хайкал выполнен из эбенового дерева с инкрустациями из слоновой кости; царские врата украшены двумя коринфскими колоннами с изображениями Христа и Пресвятой Богородицы (XIII–XIV вв.). Дверной проём в северной стене открывается в придел с криптой в честь св. Барсума аль-Эриана (XIII в. – около 1317 г.), который уединённо жил в келье на этом месте и был здесь погребён. Также с северной стороны храма расположен придел во имя великомученика Иакова Персянина (Иаков Рассеченный; Якуб аль-Фариси/аль-Мукатта). С правой стороны придела находился баптистерий, названный «баптистерием халифа», поскольку, согласно коптскому преданию, здесь в строгой секретности принял крещение халиф аль-Муизз после чуда с горой Эль-Мукаттам. Церковь св. Шенуте (Шенуды) находится с юга от церкви св. Меркурия; впервые упоминается в источниках в связи с избранием патриарха в 743 г., но исследователи не сомневаются, что была построена раньше. Северный придел храма посвящён Пресвятой Богородице, южный – архангелу Михаилу. Аль-Макризи (XV в.) сообщает, что халиф аль-Хаким в начале XI в. обратил эту церковь в мечеть. Исследователям неизвестно, когда именно она была снова отдана христианам, но в середине XIII в. в ней был избран патриарх Афанасий III (1250–1261 гг.). Во внешнем виде памятника исследователи видят следы неоднократных перестроек. Одна из важных реконструкций была произведена при патриархе Вениамине II (1327–1339 гг.). На деревянной панели в северном нефе сохранилась посвятительная надпись: «Вениамин, в год непорочных мучеников 1045 (1329). Да благословит нас Бог. Аминь». По мнению исследователей, современный архитектурный вид храма сформировался в первой половине XIV в. Храм изначально имел базиликальный план (35х15 м, высота 15 м) с тремя продольными и одним поперечным нефами. Колоннады на пересечении образуют сложные мощные опоры, поддерживающие коробовый свод. На стенах центрального нефа сохранился клеристорий с большими окнами. Единственная апсида слегка выступает за пределы восточной стены. Её граница чётко обозначена в интерьере трёхступенчатым подъёмом, а вдоль ниши апсиды устроен синтрон. Существует мнение, что хурус был добавлен позже, в его пространстве оказались две крайние восточные колонны. Однако в других ранних базиликах Египта одиночные колонны, разделявшие пространство хуруса на три части, образовывали бифории (двойные арочные проёмы). В качестве колонн, коринфских капителей и пьедесталов использованы сполии. В отдельных случаях роль пьедесталов играют перевёрнутые капители. Несколько древних фустов находятся во дворе храма. Алтарная преграда выполнена из кедра с инкрустациями из слоновой кости (XII–XIII вв.). Главный престол украшен деревянным киворием на четырёх мраморных колонках. Амвон современной работы сделан из дерева с имитацией геометрического и крестового узора, подобного тому, что украшает алтарную преграду. В храме хранится собрание икон, большей частью XVIII в. Церковь Пресвятой Богородицы (Эд-Дамширия). Арабское название церкви, принятое в 1753 г., объясняется тем, что она была отреставрирована неким выдающимся коптским мастером из Дамшира.