По мысли С.В. Бахрушина, «в основе трёх известных нам древнейших памятников сибирской истории – «Синодика», «Строгановской» и «Есиповской» летописей – лежит один и тот же первоисточник, то «Написание», которое принесли казаки преосвященному Киприану». Мысль о непричастности Киприана к непосредственной летописной работе поддерживает и Елена Ивановна Дергачёва-Скоп. Идея о едином протографе Синодика, Есиповской и Строгановской летописей иначе изложена в работах А.М. Ставрович. Она предполагала, что на основе казачьего «Написания» и рассказов очевидцев была составлена не дошедшая до нас «летопись Киприана», которая послужила основой для Синодика и сибирских статей «Нового летописца»; последние, дополненные другими источниками, стали протографом Есиповской и Строгановской летописей («Сибирские летописи: Этюд по истории вопроса и анализу сибирских летописей» // Ленинградское отделение Института истории). Дмитрий Сергеевич Лихачёв также предполагал, что помимо Синодика при Киприне на основе казачьего «Написания» и татарских записок была создана первая официальная сибирская летопись – «Киприановский свод». Руслан Григорьевич Скрынников считает, что таким протографом была ранняя Тобольская летопись, созданная при Киприане, возможно, с участием князя Семёна Ивановича Шаховского (по прозвищу Харя), который был в ссылке в Тобольске в 1621–1622 гг. Отношения Киприана с Семёном Ивановичем Шаховским подтверждаются сохранившимся посланием князя, где он просит Киприана быть «ходатаем» за него перед патриархом Филаретом. Заступничество, как полагают исследователи, оказалось успешным, т.к. в 1625 г. князь С.И. Шаховской был возвращён в Москву и участвовал в составлении послания шаху Аббасу. Документы, которые относятся к жизни Киприана после отъезда из Сибири, свидетельствуют о тесных связях между ним и патриархом Филаретом. Киприан участвовал во многих важных начинаниях первосвятителя (в решении вопроса о словах «и огнем», в приёме послов шаха Аббаса, которые привезли ризу Христа, и др.) как его непосредственный советник и помощник (Российский государственный архив древних актов). Валентин Лаврентьевич Янин предполагает, что многие предприятия Киприана в Новгороде указывают на общий с патриархом Филаретом замысел упорядочить практику богослужения. По мнению исследователей, Киприан активно участвовал в литературных начинаниях главы Русской церкви. В «Новом летописце» (1630 гг.), рассказывая о принесении в Москву ризы Господней, автор замечает: «Патриарх же Филарет повеле Крутицкому митрополиту Киприяну сложити стихеры и канун» («Полное собрание русских летописей», том 14).