В 1825 г. в соборе был устроен новый иконостас, украшенный 12 большими и 13 малыми иконами работы киевского художника И. Квятковского. В новом одноярусном иконостасе находилось несколько икон XVII в., уцелевших при пожаре. В 1840 гг. по инициативе архимандрита Димитрия (Муретова) в иконостасе были надстроены три яруса и добавлено 47 новых икон работы художника И. Кривошляпина. В 1891 г. надстроенные ярусы были сняты, и иконостасу возвращена композиция 1825 г. Интерьеры собора были расписаны Джовани Батиста Скотти. В 1831 г. по инициативе Иннокентия (Борисова) купола собора были украшены золотыми звёздами, а в 1853 г., при настоятеле архимандрита Антонии (Амфитеатрове), купола были полностью позолочены. В 1878 г. в соборе были установлены голландские печи, после чего стало возможным совершать богослужения и в зимний период. В 1936 г. собор и надвратная колокольня были разобраны. Перед разрушением сотрудники Киевской областной инспекции охраны памятников сфотографировали интерьер собора. Сохранившиеся фотографии являются наиболее надёжным источником, позволяющим реконструировать внутренний вид собора. Уцелевшие здания торговых рядов, примыкавшие к колокольне, были переоборудованы в учебные и административные помещения. Над ними были надстроены два этажа и возведён шестиколонный портик, выходящий на Контрактовую площадь. В 1963 г. был построен четырёхэтажный учебный корпус, частично покрывающий фундамент Богоявленского собора. Тёплый храм в честь Сошествия Святого Духа с приделом архангела Михаила был возведён в 1812–1826 гг. по проекту А.И. Меленского при здании трапезной. Свято-Духовской храм находился на месте предыдущего трапезного Борисоглебского храма, построенного в 1630 гг. на средства Петра (Могилы). В 1831 г. по инициативе Иннокентия (Борисова) в Свято-Духовской церкви были выполнены росписи, в 1863–1864 гг. проведена реконструкция, в ходе которой изменился внутренний вид церкви, установлен новый иконостас и позолочен купол. В 1929 г. храм был закрыт. На территории Киево-Братского монастыря существовал также собственно академический храм – домовая так называемая конгрегационная Благовещенская церковь, устроенная в 1732 г. в учебном корпусе академии. В начале 1920 гг. она была закрыта. В 1990 гг. началась реставрация бывших монастырских зданий. В декабре 1996 г. был открыт домовый Благовещенский конгрегационный храм, полностью восстановленный к 1999 г. В 2005–2008 гг. был восстановлен Свято-Духовский храм, открытый в июне 2008 г. Оба храма находятся в пользовании Украинской православной церкви (Киевский патриархат).