В том же году его призвали на службу в вермахт и отправили на Западный фронт, откуда вскоре из-за болезни перевели в Париж. В феврале 1941 г. по требованию прихожан его демобилизовали, но в 1943 г. призвали вновь, на этот раз в Грецию в качестве артиллериста. В 1944 г., при отступлении немецких войск из Греции, Э. Кеземан был легко ранен, после выздоровления вновь отправлен на фронт. В марте 1945 г. был взят в плен американскими войсками и направлен в лагерь для военнопленных близ города Бад-Кройцнах. После возвращения домой получил должность профессора Нового Завета в университете Мюнстера. С 1946 г. Э. Кеземан преподавал в Майнце, с 1951 г. – в Гёттингене. К этому времени относится его публичная полемика с Р. Бультманом о проблемах исторической реконструкции новозаветной истории. С 1959 г. и до выхода на пенсию в 1971 г. Э. Кеземан преподавал в Тюбингене. В этот период он занимался преимущественно изучением Евангелия от Иоанна и богословия апостола Павла. Помимо преподавательской и литературно-богословской деятельности Э. Кеземан активно участвовал в работе Международной религиоведческой академии (Académie Internationale des Sciences Religieuses), Общества библейской литературы и экзегетики (Society of Biblical Literature and Exegesis), был членом (с 1951 г.) и президентом (в 1971–1972 гг.) Сообщества исследователей Нового Завета (Studiorum Novi Testamenti Societas). За заслуги в области изучения богословия Э. Кеземану было присвоено звание почётного доктора университетов Марбурга, Дарема, Эдинбурга, Осло и Йельского университета. В работе «Тело и Тело Христово» Э. Кеземан, в основном, следует выводам Р. Бультмана в области антропологии и сотериологии апостола Павла. Эти исследования являлись составной частью программы демифологизации новозаветной вести. Отрицая эллинистическое представление о человеке как о состоящем из материального («плоть») и духовного («дух», «душа»), Э. Кеземан вслед за Р. Бультманом представляет его, согласно библейской антропологии, как целостное, неделимое единство – «тело». «Плоть» не является некой частью человека, но его греховным состоянием, исцеление от которого (спасение) достигается через крестную смерть и воскресение Иисуса Христа. Новый этап в исследованиях Э. Кеземана выявил расхождения с Р. Бультманом, который скептически относился к исторической достоверности евангельских сообщений об Иисусе Христе. В полемике с Р. Бультманом Э. Кеземан сформулировал важные выводы о значении истории для экзегетики и богословия. Позиция Р. Бультмана состояла в том, что историческая реконструкция обстоятельств земной жизни Иисуса невозможна, поскольку тексты Нового Завета содержат для этого недостаточно материала; для богословия такая реконструкция не имеет значения, т.к. предметом самого раннего богословия стала именно вера во Христа, которая появляется только после Воскресения, и её основное содержание – проповедь о Христе воскресшем (керигма), в то время как история земной жизни и проповеди Иисуса имела в ней значение введения.