И.А. Квенштедт цитировал творения отцов ранней церкви, католических схоластов, Мартина Лютера и других классиков лютеранства, «Книгу согласия», трактаты современников-лютеран, а также католических и кальвинистских авторов. «Система богословия» – довольно сухой и схоластический текст, и это обусловлено тем, что автор хотел как можно точнее представить читателю христианское вероисповедание, поскольку И.А. Квенштедт был уверен, что познание Бога предназначено для службы Богу. Он проводил различие между простотой изложения и простотой содержания, считая, что первая необходима, а вторая вредна для понимания текста; был убеждён, что можно писать ясно о загадочных вещах, смиренно о возвышенных, просто о трудных и открыто о вещах скрытых. И.А. Квенштедт отмечал, что, хотя Воплощение есть великая тайна (ср.: 1 Тим. 3:16), многие относящиеся к нему места Священного Писания яснее солнца. По утверждению И.А. Квенштедта, в том, что касается божественных таин, люди должны различать между «что» и «как». Если первое в Писании высказано ясно, то второе, если оно не высказано, вообще не является знанием, необходимым для спасения. По словам И.А. Квенштедта, «вера основана не на доказательствах от разума, но на свидетельствах от Бога». При этом он был уверен, что многие противоречия веры преодолимы разумом. Например, Бог всемогущ, и вместе с тем некоторых вещей Бог не может: лгать, умереть и вообще в чём-либо измениться. Кажущееся противоречие И.А. Квенштедт объяснял так: «Способность делать такие вещи говорит не о могуществе, а о бессилии». Будучи типичным представителем катафатического богословия, И.А. Квенштедт писал о Боге, используя аналогии с тварным миром, и насчитывал у Бога не менее 31 атрибута, однако оговаривал, что никакая из аналогий не является полной и наряду со сходством всегда есть и отличие. И.А. Квенштедт следовал общепринятому к тому времени в лютеранской ортодоксии делению догматики на фундаментальные статьи о вере и спасении, второстепенные фундаментальные статьи и нефундаментальные статьи. Первые статьи каждый христианин должен знать и принимать, т.к. они составляют «основание веры», без которого веры нет или вера не является христианской; о вторых статьях христианин имеет право не знать, однако он не должен думать о них вразрез с церковным учением: например, о первородном грехе, о предопределении, о роли добрых дел в процессе спасения; к третьим статьям относятся такие части догматики, которые логически не связаны с фундаментальными, так что даже христианин, понимающий неправильно, может спастись и не должен рассматриваться как еретик: таковы, например, догматы о бессмертии Адама до грехопадения, об антихристе, о признаках истинной церкви.