В 1685 г. в Виттенберге был впервые издан основной труд И.А. Квенштедта – «Дидактико-полемическое богословие, или Система богословия» («Theologia didactico-polemica sive systema theologicum»). Несмотря на то что книга была большой по объёму и весьма дорогой, на протяжении 30 лет она пользовалась огромным спросом. Основу её составили лекции, которые И.А. Квенштедт читал, опираясь на учебник И.Ф. Кёнига «Богословие в непринуждённых беседах» («Theologia positiva acroamatica»). Использовав всю значимую богословскую литературу за предыдущие сто лет, И.А. Квенштедт логично классифицировал материал, так что читателю было легко найти интересующие его разделы. Книга состоит из четырёх частей. В первой рассматриваются: природа теологии и её источники; Священное Писание и его авторитет; природа догматов; учение о Боге, Его сущности и Его деяниях (прежде всего, о творении); представление об общении с Богом и вечной жизни как о цели теологии, о вечной смерти – как о противоположности этой цели. Вторая часть посвящена изложению учения о человеке с точки зрения теологии, т.е. как об образе и подобии Божьем; о грехе; о свободе воли. В третьей части И.А. Квенштедт анализирует значение источников спасения: благую волю Бога и предопределение, искупление, возрождение, обращение, оправдание, покаяние, исповедание веры и вины, мистический союз верующих с Богом, жизнь во Христе в противоположность жизни ветхого Адама. Темами четвёртой части являются средства спасения: Слово Божье, таинства Ветхого и Нового Заветов, заветы (договоры) Бога с человеком как таковые, оправдывающая вера, добрые дела, страдание, молитва, священнослужение, светская власть, брак, церковь. В каждой главе, на которые делятся части, есть так называемый дидактический раздел, в котором в тезисной форме формулируется статья вероучения, и рассматриваются её основные элементы: этимология входящих в неё богословских понятий, их причинно-следственные связи, необходимые определения, характеристики, сопутствующие обстоятельства. За дидактическим следует так называемый полемический раздел, но, как правило, по тону даже более сдержанный, чем дидактический, поскольку И.А. Квенштедт всегда стремился детально рассмотреть в том числе и неверные мнения, с тем чтобы отвергнуть их не голословно, а аргументированно. Этот раздел делится на вопросы; в каждом из них содержится тезис, его объяснение, перечисление возможных противоположных тезисов, доказательство тезиса, опровержение возражений, ссылки на авторов, придерживавшихся иных взглядов.