Каноникаты в европейских странах развивались по-разному. С распространением клюнийской реформы в XI в. мягкие правила общежитий канонисс всё чаще критиковались реформистски настроенным духовенством за неопределённость статуса канонисс, за возможность нарушения традиционных общежительных форм, за имущественное расслоение среди насельниц каноникатов, за их относительную независимость от церковных иерархов и проч. Историк XIII в. Жак де Витри, посвятивший светским канониссам главу «Historia orientalis seu Hierosolymitana», писал об отсутствии дисциплины и устава в их жизни, надменности и независимости канонисс: «Поскольку живут не по правилам, то (они) ложно присваивают себе имя канонисс..., ибо пустой человек не есть человек, а фальшивый денарий не есть денарий». Образ жизни светских канонисс подвергался критике и на Соборах, что вело к постепенному понижению их статуса. Так, решением второго Латеранского собора (1139 г.) канониссам запретили находиться на хорах вместе с канониками или монахами (раньше во время мессы такая практика была обычной – канониссы участвовали в пении псалмов). В 1148 г. Реймсский собор, проходивший под председательством папы Римского Евгения III, предписал всем канониссам во Франции принять бенедиктинский устав или устав Августина, что способствовало исчезновению общин светских канонисс на значительной территории Франции (в отличие от регулярных канонисс, которые жили согласно монашескому уставу). Во владениях императора каноникаты превратились (в силу влиятельности их насельниц) в важные религиозные и политические центры. Многие каноникаты получили статус имперских, т.е. были выведены из-под власти местных правителей. В конце XIII в. папа Римский Бонифаций VIII отказался признать светских канонисс, такое же отношение к общинам канонисс выразил Вьеннский собор (1311–1312 гг.). Впоследствии в папских посланиях, адресованных отдельным каноникатам, этот тезис стал традиционным. Не имея возможности окончательно упразднить светских канонисс, церковные иерархи стремились всё больше отделить их от католического духовенства. Так, на Соборе в Сансе (1485 г.) канониссам было запрещено участвовать в крестных ходах рядом с клириками. В XVI в. всё настойчивей звучали призывы к реформированию общин канонисс и сближению их с традиционным монашеством (Соборы в Кёльне в 1536, 1549 гг., в Аугсбурге в 1548 г.). Предпринимались попытки вновь ввести общежительную жизнь, вернуться к скромным одеждам. Давление на общины канонисс со стороны церковных властей способствовало тому, что к началу Реформации в Германии оставалось лишь несколько обителей светских канонисс. В ходе Реформации в некоторых из них было введено протестантское богослужение (например, в нижнесаксонском каноникате Гандерсхайм в 1542 г., в каноникате Кведлинбург в Верхней Саксонии), другие (как, например, капитул Фишбек в Нижней Саксонии) сохранили свои устои жизни до XIX в.