Патриарх наложил резолюцию, в которой поручал подавшим прошение лицам принять и передать митрополиту Агафангелу после приезда его в Москву синодские дела. Между тем обновленцам было уже известно, что ГПУ не допустит приезда митрополита Агафангела в Москву. Резолюция о передаче дел патриаршей канцелярии была представлена как акт передачи обновленцам высшей церковной власти. В тот же день было организовано обновленческое Высшее церковное управление (ВЦУ), в которое вошёл и С.В. Калиновский. Одновременно он являлся главным редактором официального печатного органа обновленцев – журнала «Живая Церковь». Редакция журнала первоначально размещалась на московской квартире С.В. Калиновского. Первый номер «Живой Церкви», подписанный в печать ещё до учреждения ВЦУ, открывала передовая статья С.В. Калиновского. В редакционной статье первого номера журнала С.В. Калиновский утверждал, что с отделением государства от церкви она получила «наибольший простор свободе совести». «Слухи» о гонении на церковь со стороны государственной власти С.В. Калиновский объявлял «ошибочными». При этом в редакционной статье говорилось о «моральном банкротстве» существующих церковных порядков и необходимости принятия мер «к спасению и торжеству православной церкви при помощи поместного собора, основной задачей которого должна быть выработка постановления о положении православной церкви в Советской Республике, о её конституции и руководстве». В последующие месяцы С.В. Калиновский был оттеснён от участия в управлении обновленческими структурами, освобождён от должности главного редактора «Живой Церкви». Тем не менее, он продолжал оставаться членом ВЦУ. В это время С.В. Калиновский входил в состав экспертной группы на судебном процессе по делу патриарха Тихона, подтвердившей выводы обвинения. В июне 1922 г. был возведён ВЦУ в сан протоиерея. В августе того же года подал заявление о выходе из состава ВЦУ. Некоторое время продолжал сотрудничать с обновленцами. Так, осенью того же года он был послан ВЦУ в Крым для организации обновленческого управления. Пытался отобрать у православных верующих «тихоновской ориентации» симферопольский собор во имя св. Александра Невского. В декабре 1922 г. НКВД Крымской АССР предоставил С.В. Калиновскому право служить в Александро-Невском соборе, однако прихожане не допустили этого. Во время проходивших в Крыму процессов против православного духовенства и мирян С.В. Калиновский привлекался следствием в качестве эксперта. В 1923 г. С.В. Калиновский снял с себя духовный сан, объявив об этом через газету «Безбожник». Свой поступок С.В. Калиновский мотивировал тем, что разочаровался в церкви под влиянием «контрреволюционных выступлений духовенства». В дальнейшем использовался властями для ведения атеистической и антирелигиозной пропаганды. Так, в январе 1925 г. С.В. Калиновский провёл в Свердловске лекции и диспуты с местными обновленческими священниками, один из которых, как сообщалось в советской печати, после первой же лекции отрёкся от Бога. По другим сведениям, антирелигиозные лекции, на которых С.В. Калиновский публично признавался, что будучи священником, лгал верующим, не имели успеха. С особой ненавистью высказывался против обновленческих лидеров, в том числе против А.И. Введенского, ставя под сомнение его религиозные убеждения. Умер в полной безвестности.