19 апреля на московской квартире С.В. Калиновского при Гребневской церкви состоялась негласная встреча уполномоченного шестого отделения Секретного отдела Московского губотдела ГПУ М.М. Шмелёва и члена комиссии по изъятию церковных ценностей М.В. Галкина с представителями «революционного духовенства» по вопросу «об оппозиции Патриаршему подворью и открытом выступлении против Патриарха». В частности, речь шла о подготовке издания журнала «Живая Церковь». В дальнейшем подобные встречи также устраивались на квартире у С.В. Калиновского. Вскоре через него были налажены тесные связи московских обновленцев с активистами петроградской группы «прогрессивного духовенства» протоиереем Александром Ивановичем Введенским и священником Владимиром Дмитриевичем Красницким. В начале мая 1922 г. С.В. Калиновский подготовил проект докладной записки во ВЦИК от имени «некоторой части духовенства и мирян православной Церкви». В проекте предлагалось учреждение при высшем органе советской государственной власти особого «Всероссийского комитета по делам православной Церкви, духовенства и мирян». Возглавлять комитет должен был уполномоченный в сане православного епископа. Задачами комитета С.В. Калиновский объявлял: «1. Выделение из общей массы православного духовенства и мирян тех лиц, которые признают справедливость Российской социальной революции и лояльны по отношению к советской власти; ограждение их от церковных решений и судебных кар со стороны патриаршего управления; 2. Объединение означенных лиц в общегосударственном масштабе путём выработки общей программы в делах церковных и в отношениях государственных; 3. Наблюдение за деятельностью патриаршего управления; 4. Способствование мирному и закономерному проведению в жизнь государственных мероприятий, не затрагивающих религиозного чувства православного человека». Этот проект сыграл значительную роль в организационном оформлении обновленческого раскола. Обновленцы пытались захватить высшую церковную власть, и С.В. Калиновский принимал в этом самое активное участие. 12 мая С.В. Калиновский, А.И. Введенский, В.Д. Красницкий, священник Евгений Христофорович Белков и псаломщик Стадник были доставлены сотрудниками ГПУ к находившемуся под домашним арестом патриарху Тихону, чтобы вынудить его оставить патриаршество. В последний момент С.В. Калиновский, охваченный страхом, отказался идти к патриарху и не принимал участия в беседе с ним, оставаясь в прихожей. 13 мая С.В. Калиновский в числе прочих подписал декларацию обновленцев – воззвание «Верующим сынам Православной Церкви России». В документе осуждались как «контрреволюционеры» иерархи и пастыри, не согласные с мероприятиям советской власти, предлагался немедленный созыв поместного Собора «для суда над виновниками церковной разрухи, для решения вопроса об управлении церковью и об установлении нормальных отношений между ней и Советской властью». 18 мая С.В. Калиновский вместе с А.И. Введенским и Е.Х. Белковым вручил патриарху Тихону просьбу о временной (до прибытия в Москву назначенного патриархом Местоблюстителем митрополита Агафангела) передаче им ведения дел в патриаршей канцелярии.