В западном компартименте эти хоры опираются с каждой стороны на колонну и мощный пилон. Вместе с хорами над нартексом они образуют П-образный обход вокруг центрального нефа во втором ярусе. В промежутках между подкупольными пилонами хоры открыты в центральное пространство и отгорожены лишь низкими колоннадами. Вход в наос осуществляется из атриума через нартекс, а также непосредственно через двери в западной части северного нефа и центральной части южного. Сравнительно недавно были обнаружены ещё два заложенных в позднее время входа, фланкирующих внутреннюю нишу неизвестного назначения в центральной части северного нефа, приподнятую над уровнем пола. Боковые нефы перекрыты поперечными коробовыми сводами, разделяющими каждую из травей. Поскольку они опираются на арки разного уровня (поперечные, переброшенные от импостов колоннад к простенкам между окнами на внешней стене, продольные в колоннадах и пристенные над окнами), то представляют собой неровную поверхность. Тем не менее, выстроенные в ряд, они образуют красивую перспективу криволинейных поверхностей. Тонкие и изящные мраморные колонны, разделяющие нефы (по одной в западном и по четыре в восточных компартиментах колоннад), контрастируют с мощными кирпичными пилонами. По декору они просты: вместо сложнопрофилированных баз они стоят на квадратных пьедесталах. Капители превращены в трапециевидные импосты с волютами, относящиеся к так называемому псевдоионическому ордеру. Со стороны центрального нефа на них вырезан крест в низком рельефе, а со стороны боковых нефов они украшены монограммами императора Юстиниана I Великого и императрицы Феодоры, такими же, как в храме Святой Софии. Это довольно скромное решение, т.к. обычно монограммы императоров занимали более заметное место в декоре храма. Нартекс немного шире наоса и атриума. Он состоит из пяти ячеек: боковые перекрыты первоначальными крестовыми сводами, остальные – цилиндрическими продольными и крестовым (центральная) сводами, возведёнными в турецкое время. Из каждой ячейки двери вели в атриум – в три центральных прямоугольных портала с арочными окнами над ними и в два боковых арочных, более высоких (ныне заложенные). На уровне сводчатых конструкций нижнего яруса проходит карниз византийского времени, который охватывает всё пространство храма по периметру. Над нартексом устроена сводчатая галерея: в её угловых помещениях сохранились крестовые своды византийского времени, три центральные сводчатые ячейки относятся уже к турецкой перестройке. В западной стене галереи пять окон обращено в сторону атриума; столько же окон в восточной стене направлено в сторону центрального нефа и боковых галерей. Сохранившийся нартекс принадлежит к периоду второго юстиниановского строительства. Предшествующий занимал западную часть существующего западного компартимента наоса: массивные опоры под хорами обозначают его восточную границу. Он не превосходил ширину храма. Апсида, полигональная снаружи, имеет в интерьере правильную полуциркульную форму. В восточной части храма нефы завершаются напоминающими пастофории купольными компартиментами. Они располагаются по сторонам вимы и имеют дверные проёмы с севера, юга и востока, оформленные монументальными порталами. Восточные двери первоначально вели наружу, но после 532 г. по сторонам апсиды были пристроены помещения неправильной формы.