Маронитская церковь находилась в эпицентре политических событий в Северном Ливане, в частности, военного противоборства маронитов с шиитами за контроль над Джуббат-Башарри и Кесруаном. В ходе одной из таких войн в начале 1690 гг. монастырь Каннубин был захвачен отрядом шиитов, патриарх претерпел от них притеснения и унижения. В конце XVII в. активно развивалось монашеское движение в маронитской среде. Ливанские христиане стали заимствовать структуру западных монашеских Орденов с чётким уставом и иерархией. В 1692 г. молодые халебские марониты Джибраил Хава, Абдаллах Караали и Джибраил Фархат (см. Герман Фархат; впоследствии митрополит Халеба и классик новоарабской литературы) обратились к Истифану ад-Дувайхи за благословением на учреждение новой монашеской конгрегации. Позже из-за разногласий о путях монашеского движения эта группа распалась, но Абдаллаху Караали в 1695 г. удалось создать монашеское сообщество нового типа – «Ливанский орден святого Антония». В 1700 г. возник другой маронитский Орден – «Конгрегация святого Исаии», впоследствии также принявший устав святого Антония, введённый в Ливане Абдаллазом Караали. В XVII в. маронитское богослужение постепенно переходило с сирийского языка, практически исчезнувшего в бытовом употреблении, на арабский. Истифан ад-Дувайхи относился к этому процессу с пониманием и признавал достоинства арабского языка. Эта позиция расходилась с мнением латинских миссионеров, выступавших против окончательной арабизации культа и стремившихся, чтобы сирийский язык оставался у маронитов сакральным языком богослужения, как латынь в католическом мире. При всей преданности Римскому престолу и католическому вероучению Истифан ад-Дувайхи осуждал попытки западных миссионеров приблизить маронитскую культовую практику к латинским образцам. Эта проблема осложнилась конфликтом 1700 г. между Истифаома ад-Дувайхи и францисканцами Святой земли из-за юрисдикции над маронитскими общинами Акки и других местностей Палестины. Истифан ад-Дувайхи обвинял францисканцев в том, что они денежными посулами склоняют маронитов к принятию латинского обряда. Кризис Османской империи конца XVII в., вызванный поражениями в войне с коалицией католических держав, тяжело отозвался на положении ливанских христиан. Налогообложение выросло вдвое, с 1691 г. налоги стали брать и с духовенства. В начале 1696 г. Истифан ад-Дувайхи писал в Рим, что церкви и монастыри Ливана были ограблены, и он был вынужден скрываться в пещере от солдат османских пашей. В 1700 г. Истифан ад-Дувайхи через одного из священников обратился к королю Людовику XIV c жалобами на притеснения, которые претерпевают от пашей Дамаска и Триполи маронитские епископы, монастыри и народ. По приказу короля французский посол в Константинополе пытался выступить в защиту маронитов, однако это не улучшило ситуацию. Осенью 1703 г. войско шиитского шейха Хамада вошло в Каннубин и, ссылаясь на повеление триполийского паши, потребовало выплаты податей за год вперёд. После отказа Истифан ад-Дувайхи был жестоко избит. Несколько сотен воинов, присланных шейхами Хазин, освободили патриарха и увезли его в Кесруан. Усилиями эмира Бешира Шихаба полномасштабную шиитско-маронитскую войну удалось предотвратить, и весной 1704 г. Истифан ад-Дувайхи смог вернуться в свою резиденцию, где умер несколько дней спустя и был погребён в патриаршей усыпальнице.