Тексты проповедей Истифана ад-Дувайхи, как утверждали современники, использовал православный Антиохийский патриарх Макарий III (1647–1672 гг.). В 1662 г. сиро-яковитский Халебский епископ Андрей Ахиджан, соученик Истифана ад-Дувайхи по Маронитской коллегии, стал Антиохийским патриархом и принял унию с Римом (см. ст. Сирийская католическая церковь). Истифан ад-Дувайхи активно поддерживал патриарха Андрея Ахиджана в церковно-политической борьбе, однако осуждал тактику римских миссионеров, стимулировавших деньгами переход яковитов в католичество. Летом 1665 г. Конгрегация пропаганды веры предписала Истифану ад-Дувайхи вернуться для миссионерского служения в Ливан, однако по настойчивым просьбам халебских маронитов он был оставлен в их городе. В мае 1668 г. Истифан ад-Дувайхи вернулся в Ливан и совершил паломничество в Иерусалим. 8 июля 1668 г. был рукоположён во епископа и назначен на Кипрскую кафедру, которая пустовала уже около 35 лет. После османского завоевания острова (1570–1571 гг.) кипрская маронитская община, когда-то многочисленная и процветающая, бедствовала. Часть маронитов присоединились к православной церкви, остальные утратили многие церковные традиции. В 1669 г., приехав на Кипр, Истифан ад-Дувайхи застал там 1 тыс. маронитов, проживавших в десяти деревнях. 20 мая 1670 г. епископы и аяны (старейшины) области Джуббат-Башарри избрали Истифана ад-Дувайхи патриархом Маронитской церкви. Весной следующего года он заручился одобрением своей кандидатуры со стороны влиятельного клана Хазин, которому принадлежали земли Кесруана, и только после этого обратился в Рим за утверждением в сане. Избрание было утверждено в 1672 г. папой Климентом Х (1670–1676 гг.), и в том же году в монастыре Каннубин состоялась интронизация. Истифан ад-Дувайхи вошёл в историю как выдающийся администратор. Последующие хронисты присвоили ему наименование Великий (аль-Кабир). В патриаршество Истифана ад-Дувайхи продолжались процессы колонизационного движения маронитов на юг вдоль хребта Ливанских гор. Церковный и политический центр общины перемещался из областей Джуббат-Башарри и Батрун в Кесруан, зону влияния шейхов Хазин. Этот феодальный клан пользовался поддержкой как доминировавших в Ливане друзских династий Маанов и сменивших их в 1697 г. Шихабов, так и французской дипломатии. Французский король Людовик XIV считал своей религиозной миссией покровительство ближневосточным католикам. В 1658 г. глава рода Хазин Абу-Науфаль занял пост французского вице-консула в Бейруте. Эта должность дальше переходила по наследству к его потомкам. Шейхи Хазин стимулировали переселение маронитов в Кесруан и способствовали основанию в этой местности ряда монастырей, получавших земельные пожалования от маронитской знати. Претензии духовенства на теократическую власть периодически приходили в столкновение с интересами светской элиты маронитов. Так, в 1683 г. из-за конфликта с шейхами Хазин Истифан ад-Дувайхи бежал в Дайр-эль-Камар в Южном Ливане под защиту эмира Маана и оставался там два года, прежде чем смог вернуться в Каннубин.