Особое значение для Истинно-православной церкви имеет почитание в качестве святого русского императора Павла I. С самого начала образования своей церковной структуры Рафаил пытается возродить создававшийся Павлом I российский Мальтийский орден. Решением третьей сессии поместного Собора Истинно-православной церкви от 24 июня 2005 г. он был избран первосвятителем Истинно-православной церкви с титулом «святейший архиепископ Московский, митрополит Всероссийский, хранитель дверей Гроба Господня»; именует себя потомком Николая Мотовилова, являвшегося свидетелем жизни преподобного Серафима Саровского. В центральном офисе Истинно-православной церкви начинают совершаться специальные служения «ордена рыцарей-госпитальеров», организуется целительский центр «Проис». В середине 2009 г. Рафаил сменил фамилию, стал именоваться Мотовиловым. Вместе с ним фамилию сменили оба сына – Сергей и Антон. 14 октября 2017 г., находясь с визитом в Греции, принял постриг в великую схиму с наречением имени Серафим (в честь преподобного Серафима Саровского). Постриг возглавил предстоятель ИПЦ Греции митрополит Ангелос. В одном из интервью заявил, что «Почему она [Московская патриархия] узурпировала право владеть истиной? Каждый идёт к Богу своим путём: и мусульмане, и буддисты, и индуисты». Считает, что «Бог не наказывает, тем более вечно»; что «Бог не борется с сатаной», поскольку «сатана – Его орудие»; Иуду называет «лучшим из Апостолов», в которого сатана вошёл «по желанию Божию», а сам Иуда совершил «дело Божие», предав Спасителя. По мнению критиков, занимается оккультными практиками, не соответствующими ни в коей мере сану православного священнослужителя. На вопрос о том, можно ли христианам заниматься агни-йогой, ответил: «Если вам это нравится, если вы раскрываете при этом себя – пожалуйста! Путей так много. Мы всё принимаем». Вместе с тем, 13–14 июля 2014 г. под председательством Рафаила (Мотовилова) состоялся поместный Собор Истинно-православной церкви, на котором было утверждено исповедание Истинно-православной церкви, осуждающее любые виды оккультных мнений, учений и практик, как не имеющие ничего общего с христианством, а также учения, различающие в составе природы, помимо естественных сил души и тела, так называемые тонкие энергетические «тела», «поля», «центры» и «каналы» и предлагающие воздействие на них через так называемую работу с энергиями, с помощью медитаций, дыхательных упражнений и т.п. Кроме того, на Соборе как еретические осуждены имяборчество, экуменизм, киприанизм (учение Киприана (Куцумбаса)) и сергианство. Весной 2014 г. в одном из интервью Рафаил (Мотовилов) так прокомментировал свою целительскую деятельность: «Я не знаю, что такое целитель, я – священник. И я не считаю для себя зазорным молиться за конкретного человека по определённому чину. Я рад, что ко мне по этому поводу обращаются. И я рад, что люди по вере своей получают исцеления». В 2015 г. решением Басмакнного районного суда города Москвы брошюра Рафаила «О месте Истинно-Православной Церкви в современном мире» была включена в Федеральный список экстремистских материалов.