Рафаиловцы почитают митрополита Иосифа (Петровых). К Русской православной церкви Рафаил настроен достаточно лояльно, принимает из неё священников, негативно настроен лишь в отношении Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера), заявляя, что Русскую церковь может возглавлять только русский человек, и обвиняя патриарха в том, что именно он бюрократизирует Московский патриархат, делая его структуру похожей на венную организацию. Рафаил настаивает на том, что православным необходимо стремиться к единому центру, но это стремление не должно влечь за собой необходимость административного подчинения какой-либо церковной структуре. Экклезиология Истинно-православной церкви достаточно либеральна, допускает признание истины за разными православными церквами, не признающими друг друга. Спустя непродолжительное время Рафаил (Прокофьев) был наделён титулом «Блаженнейшего митрополита Московского, хранителя дверей Гроба Господня». В июле 2003 г. он организовал и провёл «Объединительный архиерейский Собор Истинно-православной церкви в России», результатом которого стало объединение ряда небольших религиозных групп неканонического (альтернативного) православия в религиозную организацию «Православная церковь России» («Истинно-православную церковь»). Первоиерархом названной религиозной организации с титулом Патриарший местоблюститель был избран Рафаил (Прокофьев). В 2005 г. он был наделён титулом «архиепископ Московский, митрополит Всероссийский» и правом ношения белого патриаршего куколя. Таким образом, происходит объединение, в частности, с секачёвцами, к Рафаилу присоединяется секачёвский епископ Епифаний (Каминский) – с либеральной церковной группой Стефана (Линицкого), группой Арсения (Киселёва) и др. Новая объединённая структура получает регистрацию в Министерстве юстиции РФ в качестве централизованной религиозной организации «Объединение православных общин апостольской традиции», по сути, «зонтичной структуры» для разных «истинно-православных» групп. На 2004 г. Истинно-православная церковь насчитывала 21 архиерея, более 70 священнослужителей, 110 монашествующих. Синоду Истинно-православной церкви были подчинены четыре женских монастыря и один мужской, а также 36 зарегистрированных общин, 26 находившихся в процессе регистрации и около 30 незарегистрированных. В ноябре 2004 г. под руководством Рафаила прошёл поместный Собор объединённой церкви, который снял с русского народа клятву 1613 г. на верность династии Романовых, констатировал прекращение этой династии и провозгласил Божью Матерь Царицей Всероссийской. Однако курс на более централизованное управление церковью, который митрополит Рафаил снова берёт в 2004 г., приводит к тому, что в марте 2005 г. группа Стефана (Линицкого) отходит от Истинно-православной церкви и продолжает существовать в качестве Апостольской православной церкви.