По некоторым данным, приблизительно в 1996 г. Рафаил (Прокофьев) вошёл в юрисдикцию Украинской православной церкви Киевского патриархата, где был рукоположён во «епископа Красноярского». По другим данным, обращался к Филарету (Денисенко) с просьбой о хиротонии, но не был принят даже для беседы. Получил хиротонию от архиереев Украинской автокефальной православной церкви. Организовал и провёл 19 декабря 1996 г. в Богоявленском соборе Ногинска вместе с архиепископом Украинской православной церкви Киевского патриархата Адрианом (Стариной), Варухом (Тыщенковым), Сергием (Саркисовым) «коронацию на царский престол Российской империи самодержца Великой, Малой и Белой Руси» «Императора Николая III» (самозванца Николая Дальского), объявившего себя сыном царевича Алексия и «государыни-императрицы» Наталии, который якобы, в отличие от остальных членов царской семьи, чудом уцелел. Охрану обеспечивали боевики Украинской Национальной ассамблеи – Украинская Народная Самооборона (УНА-УНСО) и Национально-Патриотического Фронта (НПФ) «Память». Дата 19 декабря 1996 г. была избрана для коронации с оглядкой на предсказание о восстановлении в России монархии, сделанное в 1995 г. Международным фондом астрологических и экстрасенсорных прогнозов «Стратегия». В январе того же года вместе с архиепископами Адрианом (Стариной) и «ломейкинцем» Сергием (Саркисовым) пытался учредить Российскую императорскую православную церковь, старясь заручиться поддержкой Вселенского патриарха Варфоломея. Министерство юстиции РФ отказало церкви в регистрации. В 1997 г. Рафаил (Прокофьев), разочаровавшись в псевдомонархе и его окружении, с группой своих единомышленников присоединился к Российской истинно-православной церкви (РИПЦ; А. Михальченкова), возводящей линию своего преемства к Украинской автокефальной православной церкви. 21 сентября 1997 г. был перерукоположён (была совершена хиротесия) и наделён титулом «епископа Волоколамского», викария Московской епархии. В его повторном рукоположении приняли участие «митрополит Крутицкий» Амвросий (Катамадзе), «архиепископ Дмитровский» Стефан (Линицкий) и «епископ Гайнатский и Имеретинский» Моисей (Ходжава). В начале 1998 г. «архиепископ» Рафаил (Прокофьев) был избран первоиерархом Российской истинно-православной церкви и наделён титулом «митрополита». Уже 13 марта 1999 г. он был отстранён от должности и выведен за штат, а 27 ноября того же года Синодом РИПЦ лишён «архиерейского» сана за нарушение церковных канонов и занятия экстрасенсорикой. После ухода из неё с Рафаилом остаются епископ Дидим (Нестеров), архиепископ Сергий (Моисеенко), епископ Филипп (Филипченко), которые на своём поместном Соборе создают новую религиозную организацию, получившую наименование Русская православная соборная церковь, Православная церковь России (Истинно-православная церковь).