Его образ как народного святого приобрёл фольклорные черты и стал частью народной культуры, символизируя ненасильственное сопротивление неправедной светской власти. Во второй половине XVIII в. были обнаружены тексты, позволившие исследователям правильно датировать его смерть (хранившаяся в Ватиканской библиотеке жалоба архиепископа Яна из Енштейна на Вацлава IV; жизнеописание архиепископа, составленное Петром Кларификатором и опубликованное в 1793 г. чешским историком Йосефом Добровским). В XIX в. среди части чешского общества получила распространение точка зрения, что Римско-католической церковью был канонизирован человек, которого никогда не было. На рубеже XIX и ХХ вв. в среде патриотически настроенной чешской протестантской или атеистической интеллигенции Иоанн Непомуцкий считался символом насильственной рекатолизации и гнёта Габсбургов, а пропаганда его культа – средством вытеснения из народной памяти почитания Яна Гуса. В 1920–1930 гг. в независимой Чехословакии критика почитания Иоанна Непомуцкого усилилась. В комментарии к Римскому Мартирологу (1940 г.) издатели высказали сомнение в достоверности событий, описанных в посвящённой Иоанну Непомуцкому житийной литературе. Под влиянием критики Конгрегация обрядов в 1960 г. упразднила память Иоанна Непомуцкого в общем календаре Римско-католической церкви. Однако Иоанн Непомуцкий широко почитается в Чехии и в Центральной Европе. Этому во многом способствовали как светские, так и церковные мероприятия, проведённые к 280-летию его канонизации (в 2009 г.), в том числе выставка «Святой на мосту» (каталог-исследование выставки опубликован в Праге). Иконография Иоанна Непомуцкого сложилась в XVII в. Святой изображается сухощавым клириком средних лет с небольшой бородой, держащим в руках распятие; вокруг головы – пять сияющих звёзд как напоминание о сиянии, сопровождавшем плывущее по реке тело мученика. Первая гравюра с изображением Иоанна Непомуцкого помещена Понтанусом в «Liber hymnorum sacrorum» (1602 г.). С середины XVII в. было распространено изготовление скульптур Иоанна Непомуцкого, их устанавливали на площадях и, главным образом, у мостов, что свидетельствует о почитании святого как покровителя профессий, связанных с речной водой, и путников, переходящих через мост. К 300-летию смерти Иоанна Непомуцкого, отмечавшемуся в 1683 г. (ещё до канонизации), на Карловом мосту в Праге было установлено его скульптурное изображение (скульптор Ян (Иоганн) Брокофф, по деревянной модели Маттиаса Раухмиллера, изготовленной в 1612 г.); в настоящее время подлинник находится в Национальном музее в Праге, на мосту установлена его точная копия. С этой статуи началось скульптурное украшение Карлова моста. Объектом паломничества является также находящийся на этом мосту бронзовый рельеф с изображением святого, которого бросают в реку. В начале XVIII в. в переходах между частями королевского дворца в Праге была создана специальная «камера пыток» – особое помещение типа тюремной камеры, где находится статуя Иоанна Непомуцкого. Кроме Праги святой особо почитается в городе Ждяр-над-Сазавоу, в 1719–1722 гг. здесь по инициативе местного аббата Вацлава Веймлувы архитектор Ян Блажей Сантини-Айхел построил в стиле барочной готики церковь во имя Иоанна Непомуцкого (включена в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО); загородная местность, где на возвышенности расположен храм, получила название Зелена-Гора (Зелёная Гора) в честь Зеленогорского монастыря, близ которого родился Иоанн Непомуцкий. В куполе храма находится большое изображение «языка», ставшего иконографическим атрибутом Иоанна Непомуцкого. Святому посвящены церкви в Непомуке (там особо отмечено место, где, по легенде, стояла его колыбель), в Праге – «На Скальце» и в Градчанах (архитектор Килиан Игнац Динцецхофер).