О чудесах на могиле сообщается в жизнеописании Пражского архиепископа Яна из Енштейна, составленном в 1402–1403 гг. приором архиепископской резиденции в замке Роуднице Петром Кларификатором, а также неоднократно упоминается в «Старых летописях чешских» (вторая половина XV в.). В 1480 гг. в помещении над капеллой святого Вацлава в кафедральном соборе хранилась чаша для причастия с надписью: «В честь благословенного Яна из Помука». На рубеже XIV и XV вв. сложилось местное предание об Иоанне Непомуцком: он претерпел мученичество за сохранение тайны исповеди королевы Софии, исповедником которой он якобы был. Впервые предание было зафиксировано в 1433–1434 гг. профессором Венского университета Томасом Эбендорфером фон Хазельбахом, членом посольства Базельского собора, отправленного к гуситам. Он провёл в Праге три месяца, собирая сведения о короле Вацлаве IV для своей «Хроники Римских королей» («Chronica regum Romanorum», около 1450 г.). Ссылаясь на более раннее сообщение августинца Андрея из Регенсбурга («Cronica pontificum et imperatorum romanorum», 1433 г.), Томас Эбендорфер фон Хазельбах пишет, что Вацлав IV приказал утопить магистра теологии Иоанна Непомуцкого, критиковавшего короля за безнравственное поведение, и добавляет, что, будучи исповедником королевы, мученик отказался открыть королю тайну исповеди. Об этом же пишет пражский каноник Павел Жидек («Spravovna», 1470–1477 гг.), также использовавший, по мнению исследователей, местное предание об Иоанне Непомуцком. В современных Иоанну Непомуцкому письменных источниках не упоминается о том, что он был духовником королевы, однако большинство исследователей склонны доверять преданию. Действительно, супруга чешского короля Вацлава IV баварская принцесса София была недовольна политикой, проводимой мужем, и король собирался развестись с ней (исследователям известно о переговорах в 1391 с антипапой Климентом VII, который обещал объявить брак недействительным в обмен на признание чешским королём его верховенства в католической церкви). Ошибку в интерпретации событий жизни Иоанна Непомуцкого допустил Вацлав Гайек из Либочани. В «Чешской хронике» (1541 г.) он писал о двух служителях католической церкви, утопленных по приказу короля. Один, исповедник королевы, погиб в 1383 г., другой – в 1393 г. В ХХ в. исследователи обнаружили причину ошибки: переписывая сообщение из книги декана кафедрального собора Яна из Крумлова, Вацлав Гайек принял номер страницы за обозначение года. Популярность «Чешской хроники» способствовала распространению ошибки: все авторы, впоследствии писавшие об Иоанне Непомуцком, указывали неверную дату его смерти – 1383 г. Эта дата вместе с ошибочными сведениями о том, что Иоанн Непомуцкий был каноником капитула святого Вита, указаны на сделанной в середине XVI в. решётке у гроба. Тогда впервые мученик был назван Непомуцким. Почитание Иоанна Непомуцкого как святого покровителя Чехии окончательно сложилось в XVI–XVII вв. В сочинении «Духовное веселие Чешской короны» (1599 г.) Г.Б. Понтанус поместил молитву в то время ещё официально не канонизированному Иоанну Непомуцкому, называя его святым покровителем страны. В 1608 г. в книге «Богемия благочестивая» С.Ф. Виллатикус и Г.Б. Понтанус опубликовали стихи о святости Иоанна Непомуцкого. В 1621 г. Пражский архиепископ Ян VIII Логелиус освятил в соборе святого Вита алтарь, посвящённый в том числе и Иоанну Непомуцкому.