Мученик изображён и на рельефе святых покровителей Чехии (1630 г.) в соборе святого Вита с надписью на немецком языке: «Исповедник». Важную роль в распространении почитания Иоанна Непомуцкого в Чехии сыграли иезуиты, стремившиеся вытеснить повсеместное поклонение Яну Гусу. Иезуиты И. Плахий-Ферус (в 1641 г.) и Я.И. Длуговеский (в 1668 г.) составили Жития Иоанна Непомуцкого на чешском и латинском языках. «Житие Иоанна Непомуцкого», написанное в 1670 г. иезуитским историком и агиографом Богуславом Бальбином, отличавшееся драматизмом и трагическим колоритом повествования, было отвергнуто архиепископским капитулом как исполненное литературных вымыслов и не соответствующее историческим данным, однако болландисты включили его в издание «Acta Sanctorum» (1680 г.). Это Житие, опубликованное в 1725 г., было богато иллюстрировано гравюрами И.А. Пфеффеля, под влиянием которых складывалась позднейшая иконография Иоанна Непомуцкого. В житийных сочинениях середины XVII в. указывалось, что мученик погиб 16 мая; впоследствии эта дата утвердилась как дата памяти Иоанна Непомуцкого. В 1675 г. капитул собора святого Вита подал официальное прошение о начале канонизационного процесса Иоанна Непомуцкого, однако в этой и последующих просьбах о канонизации было отказано (1696, 1706 гг.) ввиду противоречий и неясности письменных сведений о жизни Иоанна Непомуцкого. В 1715 г. Пражский архиепископ Фердинанд Кюнбург создал комиссию для сбора документов, необходимых для начала процесса. По решению комиссии 14 апреля 1719 г. была открыта могила Иоанна Непомуцкого. При извлечении останков из черепа выпал кусок мягкой ткани, хорошо сохранившийся, естественного розового цвета, который присутствовавшие медики объявили «языком». Его поместили в особый реликварий в капелле святого Вячеслава (Вацлава) в соборе святого Вита, реликвия стала почитаться как свидетельство Божьей помощи в сохранении тайны исповеди. 27 января 1725 г. «язык» вновь осмотрели; согласно отправленному в Рим отчёту, обнаруженный при открытии реликвария усохшим, серо-коричневого цвета «язык» через некоторое время вновь стал красным. В 1972 г. проводилось антропологическое исследование останков Иоанна Непомуцкого, худощавого человека, ростом 169 см, умершего в 45–50 лет от пыток (следы огня на рёбрах, разбитые кости), а не от утопления. Согласно заключению экспертов, повторявшиеся удары спровоцировали кровоизлияние в мозг, что и стало причиной смерти. «Язык» был признан деформированной мозговой тканью. Данные антропологического исследования не позволяют исследователям сомневаться в аутентичности останков. 31 мая 1721 г., основываясь на широком местном почитании, папа Римский Иннокентий XIII беатифицировал Иоанна Непомуцкого, а 19 марта 1729 г. в Латеранском соборе в Риме папа Бенедикт XIII буллой «Christus Dominus» провозгласил его святым Римско-католической церкви. В Праге канонизация Иоанна Непомуцкого отмечалась 9–16 октября 1729 г. В 1736 г. в соборе святого Вита за главным алтарём был установлен серебряный саркофаг святого (отлит по эскизам И.Э. Фишера фон Эрлаха). С этого времени в Праге 16 мая ежегодно проводится Святоянский крестный ход. В эпоху Контрреформации Иоанн Непомуцкий стал не только символом возвращения Чехии к католичеству, но и символом национального самосознания чехов в период утраты государственной независимости и превалирования немецкого элемента в «высокой» культуре.