После обнародования в 1925 г. румынского закона о культах, не содержавшего упоминания о старообрядцах, в мае того же года в Брэиле состоялся Собор, принявший решение ходатайствовать перед румынскими властями о признании старообрядческой церкви; Иннокентий разработал «Меморий о правах старообрядцев». Ходатайство не было подано, т.к. многие старообрядцы были против признания их правительством. 28 июля 1935 г. Иннокентий в Вилкове единолично поставил инока Силуяна (Кравцова) епископом на состоявшую в юрисдикции Московского архиепископа Измаильскую кафедру вместо отстранённого в 1931 г. епископа Феогена. Поставление было вызвано конфликтами в Измаильской епархии и бездействием Белокриницкого митрополита Пафнутия (Федосеева), не принимавшего мер для исправления ситуации. Исследователи считают, что таким образом Иннокентий (наряду с другими эмигрантами из России – Ф.Е. Мельниковым и проч.) хотел расширить влияние старообрядческого Московского архиепископа в Бессарабии. На Соборе Белокриницкой митрополии 6 августа 1935 г. митрополит Пафнутий и епископы отказались признать хиротонию Силуяна и провозгласили Феогена епископом «всея Бессарабии»; обвинённый в расколе Иннокентий был запрещён в служении. Впоследствии митрополит Пафнутий и Освященный собор удалили Феогена, утвердили Иннокентия на Кишинёвской кафедре и признали епископскую хиротонию Силуяна. Белокриницкий собор 1936 г. провозгласил Кишинёвскую и Измаильскую епархии в юрисдикции Белокриницкого митрополита, направив в Москву уведомление (после освобождения данной территории от немецких войск епархии вновь перешли под управление Московского архиепископа). После Собора 1936 г. Иннокентий составил второй «Меморий о правах старообрядцев», в котором изложил историю и учение последователей «старой веры». После рассмотрения на Соборе в Брэиле «Меморий...» был направлен румынскому правительству в ноябре 1938 г., тогда же властям был представлен Статут, составленный Ф.Е. Мельниковым (также как и в 1920 гг., эти усилия были безрезультатны, старообрядчество было официально признано в Румынии после освобождения страны от немецких войск). В июле 1940 г. Иннокентий был назначен на Тульчинскую епархию. Перевод был связан с присоединением в июне 1940 г. Бессарабии, большая часть которой составляла территорию старообрядческой Кишинёвской епархии, к СССР. В 1940 г. старообрядческая митрополичья кафедра была перенесена в Брэилу, т.к. Северная Буковина, включая Белую Криницу, была занята Красной Армией. На Освященном соборе в Брэиле 8 мая 1941 г. Иннокентий единогласно был избран митрополитом, 10 мая возведён в сан епископами Саватием (Славским), Тихоном (Качалкиным) Маньчжурским и временно Тульчинским. После вступления Румынии 22 июня 1941 г. в войну с СССР Иннокентий, как иностранец и русский, был выслан в Яссы. Его переговоры с румынскими властями по поводу возможности проживания в монастыре в занятой румынскими войсками Белой Кринице не имели успеха. Чувствуя себя бесправным и беззащитным, опасаясь быть захваченным большевиками, против которых Иннокентий неоднократно выступал, епископ тяжело заболел, после чего ему был разрешён переезд в старообрядческое селение Писку, где он вскоре скончался. Чин погребения совершили старообрядческие епископы Тихон (Качалкин) и Арсений (Лысов). Начиная с первого произведения Иннокентия, полемика с православными миссионерами, с различными старообрядческими направлениями и сектантами занимала в его творчестве большое место. В 1898 г. он подготовил и напечатал на гектографе в Нижнем Новгороде «Беседу старообрядца Ивана Усова с миссионером новообрядческого общества Сергеем Романовским, бывшую в селе Башкарка Пермской губернии в конце ноября 1897 г.».