В 1904 г. Иннокентий основал журнал «Старообрядческий вестник», в котором публиковались сведения о современной жизни и истории старообрядцев, религиозно-нравственные материалы; в качестве места издания было указано село Климовцы на Буковине в Австро-Венгрии (ныне село Климэуци в Румынии), по свидетельству Фёдора Евфимьевича Мельникова, журнал издавался в Санкт-Петербурге. В 1906–1907 гг. в Нижнем Новгороде издавался журнал «Старообрядец», редактором и автором которого вместе с Иннокентием был его брат В.Г. Усов. Журнал неоднократно закрывался властями, в 1908–1909 гг. выходил с названием «Старообрядцы». По благословению Иннокентия в июле 1906 г. в Нижнем Новгороде прошёл первый съезд Союза старообрядческих начётчиков (Российская государственная библиотека), в деятельности которого активное участие приняли братья Усовы. По мнению Ф.Е. Мельникова, инициатором большинства начинаний, предпринимавшихся старообрядцами Белокриницкой иерархии в то время, являлся Иннокентий, который был и главным их участником. Он первым среди старообрядческих епископов стал созывать епархиальные съезды, организовал педагогические курсы, предлагал Московской старообрядческой общине Рогожского кладбища (МСОРК) «открыть курсы не для учителей, а для учительниц: они обыкновенно бывают скромны и нравственнее учителей» (Российская государственная библиотека), входил в комиссию МСОРК по составлению «Учебного плана старообрядческой учительской семинарии» (Российская государственная библиотека). Иннокентий выполнял поручения старообрядческих Освященных соборов: участвовал в разработке законопроектов по старообрядчеству в Особом совещании по делам старообрядцев, в поставлении старообрядческих Белокриницкого митрополита и Черниговского епископа, в переговорах с неокружниками (Российская государственная библиотека; к неокружникам принадлежал родной брат Иннокентия Антоний, служивший уставщиком в молитвенном доме в селе Браиловка). Иннокентий присутствовал на нескольких примирительных Соборах с противниками «Окружного послания», которые завершились Бендерским мирным актом 9 апреля 1907 г., вёл переговоры о присоединении к Белокриницкой иерархии беглопоповцев и беспоповцев. 22 ноября 1908 г. Иннокентий без ведома других старообрядческих иерархов единолично рукоположил Михаила (Семёнова) во епископа Канадского. Свой поступок Иннокентий объяснил так: «Рукоположил я епископа Михаила в Америку для обращения в старообрядческую церковь пребывающих вне её». Иннокентий надеялся при помощи Михаила (Семёнова) присоединить к старообрядчеству жившую в Канаде группу православных (по мнению исследователей, украинцев), называвших себя «незалежными» от Святейшего Синода РПЦ. Эту группу окормлял «Серафим, посвящённый архимандритом в Иерусалиме, сам себя здесь (в Канаде) уже посвятивший в епископы, потом в архиепископы и, наконец, в митрополита. Вследствие его крайней нетрезвости и паства, и священники (около 30 человек) от него отступились» (письмо Л.С. Набокова Павлу Павловичу Рябушинскому – Российская государственная библиотека). Действия Иннокентия шли вразрез с намерениями старообрядческого Московского архиепископа Иоанна (Картушина; 1898–1915 гг.), о чём Иннокентий рассказал на заседании Петроградского религиозно-философского общества в 1916 г. (после смерти архиепископа Иоанна): «Мы получили сведения, что архиепископ Иоанн заявляет, что ни за что не поставит его (епископа Михаила) в епископы..., так как к нему правительство относится неприязненно и многие старообрядцы... Я и решил поставить его в епископы в виде протеста против подчинения нашей старообрядческой церкви воле наших двухсотлетних врагов. Канада была только предлогом. Я хотел его поставить на Финляндию. Но тут нашлось письмо из Канады, я привязался к этому случаю и поставил его в епископы с его согласия в Канаду, но решил держать это в секрете».