Старообрядческий Собор 4 февраля 1909 г. запретил Иннокентия в священнослужении. На следующем Соборе, который состоялся 27–30 августа 1909 г., запрещение было снято, хиротония Михаила (Семёнова) признана действительной. 25 августа 1911 г. Иннокентий был избран в Духовный совет при Московской архиепископии. 25 октября 1915 г. с участием Иннокентия состоялось освящение старообрядческого храма в Нижнем Новгороде (Российская государственная библиотека). Важное значения для характеристики взглядов Иннокентия исследователи считают дискуссию о роли мирян в церковных делах, которая развернулась в 1911 г. на страницах «Старообрядческой мысли». Иннокентий выступил за укрепление епископской власти и ограничение прав мирян в церковной жизни, в частности, против избрания приходами священнослужителей, а также против приобретавших всё большую популярность съездов мирян без участия епископов. Позиция Иннокентия вызвала резкую критику со стороны редактора журнала Никифора Дмитриевича Зенина, писавшего о том, что «владыка Иннокентий стремится убить выборное начало в церкви», протоиерея Алексея Старкова и других старообрядцев. Резкая критика позиции Иннокентия в «Старообрядческой мысли» вынудила епископа отказаться от сотрудничества с журналом. Дискуссия о роли мирян в церковной жизни продолжалась среди старообрядцев до 1920 гг. Иннокентий принимал участие в заседаниях Петроградского религиозно-философского общества. Большое впечатление он произвёл на Михаила Михайловича Пришвина. Старообрядческий епископ упоминается в повести Михаила Алексеевича Кузмина «Крылья» (1906 г.): «Да как же, есть и архиереи, светского не чуждающиеся, из ваших же, например, владыка Иннокентий». М.А. Кузмин писал о встрече с Иннокентием в Санкт-Петербурге 22 ноября 1905 г., очевидно, на Громовском кладбище, на «старообрядческом митинге». 23 мая 1917 г. Иннокентий по поручению Освященного собора обсуждал законопроект о религиозных общинах с членом Государственной думы Василием Алексеевичем Маклаковым. В результате беседы старообрядческий епископ пришёл к выводам, что «перемена правительства (в результате Февральской революции) дала нам, старообрядцам, полную свободу веры наравне с прочими церквами и исповеданиями России» (Российская государственная библиотека). Во время гражданской войны Иннокентий поддержал белое движение, составил «Молитву об избавлении России». В 1920 г. эмигрировал в Румынию, имея поручение об управлении Кишинёвской епархией от старообрядческих епископов Александра (Богатенкова), заменявшего в 1920–1922 гг. архиепископа Мелетия (Картушина) и Кирилла (Политова) Одесского и Балтского (старообрядцы Бессарабии находились в подчинении Московской архиепископии, однако с 1918 г., после включения Бессарабии в Румынию, их окормляли Белокриницкие митрополиты). В апреле 1921 г. Иннокентий принял участие в собрании старообрядческих епископов в Измаиле, на котором было решено провести в июне Освященный собор для избрания нового Белокриницкого митрополита после смерти Макария (Лобова). На Соборе Иннокентий был избран митрополитом, принято решение о возведении его в сан после согласования с российскими епископами. Согласие епископов было получено, но румынские власти выслали Иннокентия из Буковины как не имеющего румынского гражданства. В конце 1920 гг. Иннокентий жил в селе Кунича (ныне в Молдавии).