В конце XVII – начале XVIII вв. рукопись была скопирована (из библиотеки императора Петра I – Библиотека Академии Наук). Житие преподобного Сергия в сокращённой редакции включено во второй Остермановский том Лицевого летописного свода 1570 гг. XVI в. (Библиотека Академии Наук). В состав клейм на житийных иконах Сергия Радонежского иногда вводится композиция сослужения ангела преподобному Сергию во время литургии, свидетелями чего стали Исаакий и Макарий. Как правило, за стеной показан наблюдающий за явлением инок средних лет с небольшой бородой, одетый в мантию и клобук (или с клобуком на плечах), имя которого не подписано, нимб отсутствует (например, икона мастера Феодосия из Успенского собора в Дмитрове, около 1510 г., музей Андрея Рублёва; икона второй половины XVII в. из Варницкого монастыря под Ростовом, музей-заповедник «Ростовский кремль»). Подобные сюжеты (без именования Исаакия) есть и в печатной графике, например, на литографии 1859 г. (?); Сергиево-Посадский государственный историко-архитектурный художественный музей-заповедник). На иконах Радонежских святых (учеников Сергия Радонежского) изображения Исаакия исследователи не обнаружили. В иконописном подлиннике 1820 гг. под 9 октября облик Исаакия соотносится с внешностью Никона Радонежского: «Сед, брада проста, поуже и покороче Никоновы, риза преподобническая» (Российская национальная библиотека). В росписях некоторых храмов Троице-Сергиевой лавры образ Исаакия, трактованный в живописной светотеневой манере, помещён в ряду изображений Радонежских святых. Так, его полуфигура в небольшом повороте влево, в монашеской мантии и зелёной с розовым епитрахили (правая рука на груди, на левой, раскрытой ладонью – чётки) находится в верхнем регистре стенописи алтарной части церкви Явления Божьей Матери преподобному Сергию Радонежскому (Михеевской; 1842 г.(?), поновления – 1871, 1947 гг.). Исаакий представлен старцем с высоким лбом с залысинами, со впалыми щеками, с длинными волнистыми волосами до плеч и с окладистой, разделённой на пряди седой бородой; подпись: «Св. преп. Исаакiй молчальникъ». Человеком средних лет (небольшая борода с проседью, волосы на прямой пробор) Исаакий изображён вместе с преподобным Василием Сухим на одном из оконных откосов северной стены трапезной части церкви преподобного Сергия Радонежского (1883 г., поновления XX в.). Святой облачён в рясу и мантию, правая рука на груди, левая, с чётками на запястье, отведена в сторону. Исаакий был написан среди сподвижников Сергия Радонежского в монументальной композиции «Построение Троице-Сергиевой лавры» на южной стене в северо-западной части храма Христа Спасителя (1870 гг., художник Илларион Михайлович Прянишников). В иконописи XX в. изображения Исаакия встречаются в произведениях, созданных монахиней Иулианией (Соколовой) в древнерусской стилистике, например, на одной из икон начала 1950 гг., размещённых на столбиках сени над ракой св. мощей Никона Радонежского в посвящённом ему приделе Троицкого собора Троице-Сергиевой лавры. Исаакий написан в рост, в розовой рясе, коричневой мантии и синей схиме, голова не покрыта и склонена влево, борода прямая, с лёгкой проседью; перстом десницы он указывает на развёрнутый вверх свиток в левой руке (надпись: «Благоразмное молчанiе есть матерь молитвы» – цитата из «Лествицы» Иоанна Лествичника).