Во время Рождественского поста (вероятно, в 1377 г.) преподобному Сергию было явление Пресвятой Богородицы со св. апостолами Иоанном Богословом и Петром. Пресвятая Дева обещала Сергию быть покровительницей созданной им обители во все времена. После того как Богородица и апостолы стали невидимы, игумен, «радуася душею», приказал своему келейнику преподобному Михею, который также был свидетелем чуда, призвать к нему Исаакия и Симона Радонежского. Ученики преподобного, услышав о явлении Божьей Матери, «абие радости духовныа исплънишяся». Известие о кончине Исаакия сохранилось в ряде летописей лаврентьевско-троицкой группы и представляет собой Похвалу святому. Отмечается, что Исаакий жил «добрым житием, чистым, благым, святым, иже исправи всяку добродетель». Характерными его чертами были «послушание, чистота, смирение, молчание, братолюбие, въздержание, нищета, нестяжание, рукоделие, любовь, пост, кротость, беззлобие, и иныя многы добродетели его... паче же безмлъвие любляше и млъчанию прилежаше, от того и млъчалником прозван бысть, да поистине таковыи свят и Божии угодник» («Полное собрание русских летописей», том 15). Б.М. Клосс считает автором Похвалы Исаакию Епифания Премудрого. Место погребения Исаакия исследователям неизвестно. Наличие повествований об Исаакии в редакциях Жития преподобного Сергия, составленных Пахомием Логофетом, свидетельствует о почитании Исаакия в Троице-Сергиевом монастыре уже в середине XV в. «Преп(одобный) Исакии Молчалник, иж(е) угодив добрым жителем (ошибочно вместо «житием»)» упоминается в Месяцеслове троицкого келаря Симона (Азарьина) середины 1650 гг. (Российская государственная библиотека). В ряде поздних месяцесловов память Исаакия помещена под 30 мая. По наблюдениям архимандрита Леонида (Кавелина), во второй половине XIX в. преподобный почитался местно в Троице-Сергиевом монастыре. Общецерковной канонизацией Исаакия исследователи считают включение его имени в Собор всех святых, в земле Российской просиявших, состав которого был определён в середине 1970 гг., в ходе подготовки к изданию богослужебных Миней. Имя Исаакия вошло в Собор Радонежских святых, празднование которому было установлено 10 июля 1981 г. по благословению Патриарха Московского и всея Руси Пимена. Наиболее ранние изображения Исаакия известны исследователям в лицевых рукописях Жития преподобного Сергия Радонежского, в частности, в троицком списке 1580 – начала 1590 гг. (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В нём содержится несколько миниатюр с образом Исаакия: «Преподобный Сергий благословляет ученика Исаакия на подвиг безмолвия» (четыре миниатюры в составе цикла «О начале монастыря, иже на Кержаче»), «О видении ангела, служаща со блаженным Сергием», «Преподобный Сергий рассказывает о явлении Божьей Матери ученикам Исаакию и Симону» (две миниатюры в составе цикла «О посещении Богоматери к святому») и др. Исаакий представлен в монашеском одеянии – рясе, мантии и клобуке, с широкой раздвоенной или окладистой бородой (длиннее Сергиевой). В некоторых композициях его имя подписано («Исакие»), иногда добавлен нимб, в других случаях образ идентифицируется на основе текста. В изображении благословения на молчальничество фигура Исаакия окружена благодатным пламенем; на листе 212 рассказ о подвижничестве Исаакия сопровождается сценой его преставления (в правом верхнем углу). На многих других миниатюрах фигуры иноков в группе братии обители не персонифицированы.