Были созданы базы данных по разделам православного вероучения и жизни церкви, а также по библиографии, агиографии, персоналиям, канонике, экзегетике, иконоведению, гимнографии, по истории храмов и монастырей РПЦ. Осуществляя общее руководство издательской деятельностью Русской церкви, Издательский совет рецензировал предлагаемые к изданию книги и рукописи с целью определения их соответствия православному вероучению и церковной традиции. Рецензентами выступали ответственные сотрудники совета, а также привлекаемые к этой работе специалисты, в том числе профессора и преподаватели духовных школ, ведущие светские учёные. Издательским советом были подготовлены к публикации каталоги изданий РПЦ. Принимались меры по координации работы православных СМИ, для чего организовывались встречи православных журналистов. Для подготовки кадров в области церковной журналистики в 1996 г. на базе Издательства Московской Патриархии был создан Институт церковной журналистики и издательского дела (впоследствии один из факультетов Российского православного университета св. апостола Иоанна Богослова). 28 декабря 2000 г. решением Священного Синода епископ Тихон (Емельянов) был освобождён от руководства Издательского совета и Издательства Московской Патриархии. Председателем Издательского совета и главным редактором Издательства Московской Патриархии был назначен протоиерей Владимир Андреевич Силовьев. Книгоиздание продолжало развиваться по следующим основным направлениям: периодика, Священное Писание, богослужебная литература, книги о патриархах и сборники патриарших трудов, деяния церковных Соборов, история Русской церкви, юбилейные издания, святоотеческая литература. В 2001–2008 гг. тираж издаваемых Издательством Московской Патриархии книг вырос почти в два раза, значительно расширился их ассортимент. Было улучшено оформление и увеличен тираж ЖМП, газета «Церковный вестник» стала общецерковным изданием, повысилась информативность содержания и оформления «Православного церковного календаря», ведутся работы по формированию эталонной версии всего корпуса богослужебных книг Русской церкви в электронном виде, на основе которой будут готовить традиционные издания. В Издательском совете были сформированы новые структуры, в том числе отделы научно-богословской, духовно-просветительной и детской литературы, нотная редакция, отдел информационных технологий, отдел внешних связей и маркетинга. Для реализации выпущенной продукции в Издательском совете создан современный магазин книг и церковной утвари. Успешно развивается выставочная деятельность. В то же время из-за фактического соединения с Издательством Московской Патриархии функции центрального церковного издательства превалировали в работе Издательского совета над возложенными на совет как на исполнительный синодальный орган задачами организации издательского дела всей Русской церкви, координации деятельности церковных издательств. Решением Священного Синода от 31 марта 2009 г. было разделено руководство Издательского совета и Издательства Московской Патриархии. Председателем Издательского совета был назначен Калужский и Боровский митрополит Климент (Капалин). Пост главного редактора Издательства Московской Патриархии был оставлен за протоиереем В.А. Силовьевым.