Из-за беспокойства, причиняемого большим числом приходящих к нему верующих, Иоанн Отшельник поселился вдали от людей на побережье Акта, в окрестностях Кисамоса. На этом известии обрывается автобиография святого. Согласно завещанию Иоанна Отшельника, все построенные им церкви и обители подчинялись Мириокефальскому монастырю. В пространной редакции завещания указаны лица, заверившие этот документ: Мосх, диакон и номикос графевс Хандакса, протоспафарии и стратиги Крита Филарет Врахеон и Евмафий, иерей и императорский нотарий Лев Диаферер. Поскольку упомянутые лица жили позднее (например, военачальник Евмафий Филокал был наместником Кипра (1099 – 1102/1103, 1111/1112 – 1118 гг.) и стратигом Крита (около 1118 г.), то речь идёт о заверении копии завещания. Точное время и место кончины Иоанна Отшельника исследователям неизвестны. Согласно критским преданиям, святой некоторое время подвизался в селении Спилья (современный ном Ханья), где существует храм в его честь. По мнению Н. Томадакиса, Иоанн Отшельник является автором гомилий на Евангелие от Матфея (XII в.), переводов сочинений Аристотеля и, возможно, ряда гимнографических текстов. В период венецианского господства возникла легенда, зафиксированная в кратких синаксарных Житиях (XVI в.). Согласно этой легенде, Иоанн Отшельник происходил из Египта. Приехав на Кипр, он стал подвизаться с 39 отшельниками. Затем они отправились на побережье Атталии (ныне Анталья, Турция), где к ним присоединились ещё 24 человека. Когда число подвижников достигло 99, они отплыли на Крит, но из-за бури были вынуждены высадиться на острове Гавдос. Иоанн Отшельник на своей распростёртой рясе, как на лодке, переправился на юго-западное побережье Крита и близ селения Азогирей устроил кельи в двух больших пещерах, куда впоследствии перебрались и другие подвижники. Желая большего уединения, Иоанн Отшельник переселился в пещеру близ нынешнего монастыря Гдернетту. Он питался только травой и плодами и из-за сильного истощения передвигался на четвереньках. Один пастух принял его за животное и смертельно ранил стрелой. Датой смерти отшельника считается 6 октября, однако поскольку в этот день отмечается память апостола Фомы, чествование Иоанна Отшельника было перенесено на 7 октября. Кроме того, память Иоанна Отшельника и 99 отшельников совершалась 20 сентября. Н. Томадакис предположил, что на формирование легенды об Иоанне Отшельнике повлияло повествование об Иоанне Египтянине и 39 аскетах, пострадавших в начале IV в., память которых отмечалась в тот же день – 20 сентября. Местное почитание Иоанна Отшельника на Крите существовало до его официальной канонизации вместе с 98 критскими преподобными в 1632 г. Константинопольским патриархом Кириллом I Лукарисом. Исследователям известно, что в 1462 г. церковь во имя Иоанна Отшельника была воздвигнута в селении Апано-Флория (близ Канданоса). В XVI–XVII вв. Иоанну Отшельнику посвятили свои гимнографические сочинения монах Максим (Мазарас; первая половина XVI в.), иеромонах Гавриил Родитис (ум. раньше 1632 г.), иеромонах Венедикт (Цангаролос; ум. в 1645 г.), иерей Антоний Граденигос (ум. в 1653 г.), иеромонах Марк (Хаметис; не позднее XVII в.), иерей Димитрий Сурумис (вторая половина XVII в.) и др.