Л. Пти считал, что Мелик находился близ современного селения Рустика, однако по мнению Н. Томадакиса, речь идёт о мысе Мелехас (Малека) на полуострове Акротири на северо-западном побережье Крита. Придя в окрестности города Арий (в современной местности Милопотамос, к востоку от Ретимно), Иоанн Отшельник построил близ современного селения Пийи церковь св. Георгия Опсаропиаста, или Псаропиаста (т.е. покровителя рыбной ловли). Дж. Томас и А. Константинидис-Хероу разделяют мнение Л. Пти, что эта церковь находилась в Хромонастири. Местные жители подарили храму поле, две пары волов и небольшое число деревьев. Здесь Иоанн Отшельник постриг в монахи Евтихия, который, приняв священнический сан, стал затем настоятелем храма. Возвратившись в Мириокефальский монастырь, оказавшийся в трудном материальном положении, Иоанн Отшельник застал монахов в растерянности, «не знающих, каким образом управляться». Занявшись устроением обители, преподобный нашёл жертвователей, подаривших монастырю шесть пар волов, 150 ульев и два участка близ селения Мусел (близ современного селения Драмия, в 45 км к юго-востоку от города Ханья), где он основал подворье св. Патапия, разбил сад и виноградник. Вокруг монастыря Иоанн Отшельник также посадил деревья и устроил виноградник. Это хозяйство могло обеспечивать нужды монашеской общины, состоящей из 12 человек. Росписи собора Мириокефальского монастыря были выполнены в начале XI в. Затем, согласно краткой редакции Жития, Иоанн Отшельник отправился в Константинополь к «нашим православным царям» (т.е. к Василию II Болгаробойце и Константину VIII) или (согласно пространной редакции), к императору Роману III Аргиру (1028–1034 гг.) и получил хрисовул, по которому Мириокефальскому монастырю ежегодно выдавались одна литра номизм и 12 монашеских одеяний. В пространной редакции говорится, что Мириокефальский монастырь получил статус ставропигиального от Константинопольского патриарха Алексия Студита (1025–1043 гг.), тогда как в краткой редакции дарование ставропигии приписывается императору. Императоры пожертвовали Иоанну Отшельнику богослужебные книги, священные сосуды и иконы, а константинопольские вельможи – 1,3 тыс. овец, 300 коз, 16 кобылиц, пять ослиц, четыре молодых мула. После возвращения из столицы Иоанн Отшельник, «не имея ни часа отдохновения», продолжил странствия, во время которых основывал церкви. В существующем доныне селении Куфос, к юго-западу от Ханьи, он воздвиг церковь Пресвятой Богородицы, для которой приобрёл виноградник и поля. Этот храм исследователи отождествляют с церковью в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», сооружённой в 1004 г. и перестроенной в XIV в. Развалины храма, освящённого во имя Иоанна Отшельника, находятся близ селения Аликианос. Назначив настоятелем монаха Кирилла и устроив келью, святой отправился дальше. До настоящего времени близ Айия-Румели сохранилась часовня апостола Павла, воздвигнутая Иоанном Отшельником. Близ селения Азогирей (ныне Азойирес, к северо-востоку от Палеохоры) преподобный построил церковь св. Георгия и разбил пасеку.