Инкорпорация сыграла большую роль в становлении европейских университетов, особенно в Центральной Европе: значительную долю в материальной базе новых университетов составляли доходы с инкорпорированных в них приходов. Так, в начале XV в. экономический фундамент Гейдельбергского университета (основан в 1386 г.) образовывали две инкорпорированные приходские церкви, которые первоначально были под патронатом основателя университета Рейнского курфюрста графа Рупрехта I, а также 12 каноникатов; впоследствии к ним прибавились и другие приходские храмы. В Базельский университет (основан в 1460 г.) была инкорпорирована церковь Санкт-Петер с десятью пребендами, затем к ним прибавились ещё три канониката кафедрального собора. Фрайбургский университет получил на правах инкорпорации от Фрайбургских епископов (частично с согласия Папского престола) 17 приходских церквей в Рейнской области и Шварцвальде, капеллу и семь алтарных пребенд. Тюбингенский университет (основан в 1477 г.) имел восемь монастырских приходов, переданных каноникатом Зиндельфингена тюбингенской церкви св. Георгия, основатель университета Вюртембергский граф Эберхард Бородатый пожаловал университету пять своих патронатных приходов. Инкорпорация и патронат часто приводили к тому, что постоянно менявшиеся и, как правило, необразованные клирики пренебрегали пастырской деятельностью на приходах, что вызывало протесты на местах. В период Соборного движения инкорпорация стала одним из предметов жёсткой критики, в связи с чем папа Римский Мартин V на Констанцском соборе (сессия 43, 23 марта 1418 г.) отменил все «uniones et incorporationes» (объединения и инкорпорации), проведённые без достаточных оснований со времени смерти папы Римского Григория XI (1378 г.), однако эта мера была малоэффективной. Неудовлетворительное состояние дел в инкорпорированных и патронатных приходах описывалось в ряде анонимных сочинений XV в., например, в трактате «Reformation Kaiser Sigismunds» («Reformatio Sigismundi», 1439 г.), где говорилось о тяжёлом положении церкви и паствы Германии и содержались предложения по реформе церкви и империи, или в памфлете «Epistola de miseria curatorum seu plebanorum» (конец XV в.), где сообщалось о бедственном положении приходского духовенства. На рейхстаге в Нюрнберге (1523 г.) инкорпорация была включена имперскими сословиями в число ста бедствий и притеснений, которым подверглась Германия со стороны Папского престола (Centum gravamina nationis germanicae). Закрытие монастырей и секуляризация монастырского имущества, предпринятые в ряде стран в период Реформации (особенно в Англии и в некоторых землях Священной Римской империи), хотя и упразднили монастырские инкорпорации, но в большинстве случаев заменили их светским частновладельческим или княжеским патронатом. Проблемы обнищания приходов и пренебрежение клириками пастырской деятельностью, вызванные в том числе инкорпорацией, были затронуты на Тридентском соборе в декрете «О реформе», который предписал епископам произвести объединения (unire) приходов или перераспределение доходов епископства для обеспечения достойного материального положения приходов. Декрет запрещал епископам впредь проводить инкорпорации без обязательной папской санкции, закрепив тем самым исключительное право на них за Папским престолом.