В конце XII – начале XIV вв. происходит частичная регламентация инкорпораций, связанная с дальнейшим развитием мер, направленных против института светского патроната и порождаемых им злоупотреблений (обнищание приходов, пренебрежение клириками пастырской деятельностью). Борьба со светскими владельцами храмов (среди которых была высшая и низшая знать, позднее городской патрициат), ущемлявшими права и прерогативы епископов, продолжилась запретами монастырям и духовным лицам принимать от мирян храмы без санкции папы или епископа. Так, на третьем Латеранском соборе (1179 г.) монастырям было запрещено без санкции местного епископа принимать в дар от мирян (даже от государей) храмы и различные патронатные права, например. на получение десятины; впоследствии это решение было подтверждено на четвёртом Латеранском соборе (1215 г.). Однако эти запреты не ущемляли экономических интересов монастырей, т.к. предусматривалась возможность оставлять в их владении уже приобретённые храмы по праву давности. Одновременно с этим принимались постановления, защищавшие приходские храмы от негативных последствий их перехода к монастырям и другим церковным учреждениям (ослабление пастырской деятельности и материальное разорение). Например, седьмым каноном третьего Латеранского собора церковным патронам запрещалось использовать средства, получаемые приходом; в их распоряжении оставалась только рента с этих доходов, которую было запрещено повышать, равно как и вводить новые подати. На это же была направлена и регламентация существовавшей практики, когда частными храмами владели церковные учреждения и отдельные духовные лица. Процесс регламентации, происходивший с начала XIII в. в декретальном праве, означал узаконение этих правоотношений. Основной тенденцией было стремление поставить под контроль правящего епископа и капитула совершение инкорпорации и назначение на должности в частных приходских церквах. В декреталиях конца XII – начала XIV вв. осуществление инкорпорации стало трактоваться как прерогатива папы и правящих епископов. Так, например, декреталии Римских пап Александра III и Гонория III запретили церковным властям и патронам обещать соискателям ещё невакантные бенефиции; при этом допускалась передача епископом невакантных церквей монастырям. Особо подчёркивалась роль папы Римского как верховного обладателя такого права и верховного судьи в спорах, связанных с инкорпорацией. В то же время в декреталиях была зафиксирована и легитимирована практика, когда монастыри (особенно обладавшие папским иммунитетом) владели частными храмами на полноправной основе («pleno iure» или «utroque iure», т.е. полное распоряжение в вопросах «temporalia» и «spiritualia»), при котором аббат полностью распоряжался доходами прихода и осуществлял назначение на приходские должности без контроля местного епископа; пастырские обязанности в таких церквах исполнялись временными викариями из числа монахов-пресвитеров. Со второй половины XIII в. большое внимание в декреталиях стало уделяться так называемым резерватным правам папы в отношении бенефициев и пребенд (в том числе в частных храмах, составлявших среди них значительную долю), на которые претендовали обладатели соответствующих папских рескриптов.