17 марта в Кишинёве епископа встречали бессарабский губернатор Александр Петрович Константинович, городской голова Карл Александрович Шмидт и множество народа. Вскоре после вступления в должность Исаакий созвал окружные училищные съезды, а также епархиальный съезд духовенства. Священнослужителям было предложено принять меры к улучшению положения епархиального женского училища и обсудить вопрос о сроках открытия причётнического класса. В мае 1891 г. Исаакий инициировал строительство больницы при женском училище, 26 марта 1892 г. отслужил молебен во время торжественной закладки фундамента здания. При нём за два года количество церковноприходских школ и школ грамоты увеличилось со 151 до 243, число учащихся – с 5514 до 7979. 21 мая 1891 г. Исаакий через консисторию выпустил предписание о проведении в епархии внебогослужебных собеседований пастырей с прихожанами. Для этого при каждой приходской церкви создавались библиотеки пособий для ведения собеседований. 3 июня 1892 г. архиерей обратился к епархиальному съезду с предложением улучшить миссионерскую деятельность. Было решено назначить пять священников для миссионерского служения к старообрядцам, одного – к «сектантам рационалистического направления». 18 сентября того же года шесть священников приступили к исполнению указанных обязанностей. Исаакий обеспечил сбор пожертвований на капитальный ремонт кафедрального собора Рождества Христова в Кишинёве, обратившись к властям города. 25 марта 1892 г., на праздник Благовещения, совершил малое освящение собора в сослужении Аккерманского епископа Аркадия (Филонова). По благословению Исаакия была полностью обновлена крестовая церковь при архиерейском доме. 20 сентября того же года Исаакий освятил эту церковь, 22 октября – новую единоверческую церковь в Кишинёве. 21 ноября 1892 г. назначен епископом Астраханским и Енотаевским. Однако к этому времени здоровье Исаакия ухудшилось. Из-за болезни он не смог вступить в управление Астраханской кафедрой и 19 декабря того же года был уволен на покой с назначением наместником Гербовецкого в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря. 18 сентября 1893 г. указом Синода Исаакию было поручено настоятельство в Тихвинском Большом в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыре. Здесь самочувствие епископа улучшилось, он стал совершать регулярные богослужения. Однако незадолго до Пасхи в 1894 г. Исаакий вновь серьёзно заболел, простудившись в монастырском саду, где любил трудиться. Несколько оправившись от болезни, предполагал отправиться на родину, в Санкт-Петербургскую губернию, испросил отпуск у Новгородского архиепископа Феогноста (Лебедева), но вскоре скончался от разрыва сердца. Чин погребения в церкви Двенадцати апостолов в Тихвинском монастыре по благословению архиепископа Феогноста совершил Кирилловский епископ Арсений (Иващенко). 13 мая в кишинёвском кафедральном соборе епископ Неофит (Неводчиков) в сослужении Аккерманского епископа Аркадия и всего городского духовенства отслужил заупокойную литургию, а затем панихиду по почившему. На богослужении присутствовали педагоги и учащиеся учебных заведений Кишинёва, горожане. Исаакий был награждён орденом св. Владимира второй степени (1885 г.).