Архипастырский визит в этот край стал первым со времени приезда Томского епископа Парфения (Попова). Современники вспоминали, что в ходе поездок Исаакий везде совершал богослужения, убеждал духовенство открывать школы, чаще общаться с прихожанами. После завершения богослужений нередко «собирал вокруг себя детей и подолгу проводил с ними беседы о молитве, о кресте и его силе, о почитании родителей и о пользе грамоты». 5 октября 1886 г. по благословению Исаакия и в его присутствии при архиерейской домовой церкви в Томске были возобновлены религиозно-нравственные чтения для народа, после окончания читался Акафист Божьей Матери. Нередко епископ проводил такие чтения по воскресным дням, а затем публиковал материалы бесед и раздавал брошюры всем желающим. Исаакий заботился о развитии школьного образования, снабдил все храмы программами для церковноприходских школ, а там, где не было школьных зданий, разрешил проводить занятия в церковных сторожках. К концу его пребывания в Томской епархии количество церковноприходских школ возросло больше чем в два раза (около 150, не считая школ Алтайской духовной миссии). Для контроля за ведением школьного дела Исаакий назначил наблюдателей из местного духовенства, которые проводили регулярные ревизии и информировали о результатах епархиальный училищный совет. По благословению Исаакия проводились тщательные проверки Томского, Барнаульского и Красноярского духовных училищ. В целях улучшения положения воспитанников Томской духовной семинарии 26 апреля 1887 г. было учреждено попечительство о её бедных учащихся; Исаакий присутствовал при открытии попечительства и был избран его покровителем и руководителем. По ходатайству Исаакия указом Святейшего Синода от 18 сентября 1889 г. Томское трёхклассное епархиальное женское училище было преобразовано в шестиклассное. При училище была устроена домовая церковь, освящённая Исаакием 9 сентября 1890 г. 29 июля 1887 г. Исаакий освятил в честь Казанской иконы Божьей Матери храм при Томском императорском университете, произнёс проповедь о созидательной силе христианской любви. 22 июля 1888 г. Исаакий освятил всё здание университета и благословил Казанской иконой первое в Сибири высшее учебное заведение. По его инициативе жители Томска собрали средства на написание иконы, которую затем украсили драгоценной ризой, в память спасения царской семьи при крушении поезда на станции Борки 17 октября 1888 г. Икона была поставлена в Иверской часовне и ежегодно 17 октября переносилась в кафедральный собор. К концу управления Томской епархией Исаакий преобразовал духовную консисторию; его экономия и бережливость привели к значительному уменьшению долга архиерейского дома, раньше достигавшего 15 тыс. руб. 12 января 1891 г. Исаакий был назначен на Кишинёвскую и Хотинскую кафедру. Торжественное прощание с архипастырем состоялось 17 февраля; в тот же день Исаакий служил литургию в кафедральном соборе Томска и 18 февраля выехал из города.