По словам игумена Игнатия, «архиерейский дом здесь деревянный и весьма неприглядный..., вся обстановка производит тяжёлое впечатление. Богослужение в архиерейской церкви не имеет должного благолепия... Средства архиерейского дома очень скудные». Исаакий совершал поездки по епархии два раза в год в сопровождении только диакона и келейника. При обозрении церквей Красноярского округа в конце 1885 г. Исаакий обратил особое внимание на организацию в приходах внебогослужебных собеседований, экзаменовал священников, в его присутствии они беседовали с прихожанами о вере и нравственности. Архиерей подавал пример: часто проповедовал и беседовал с паствой. Важное значение для епархии имела миссия среди коренных народов Сибири. Зимой 1884/1885 гг. объехал весь Туруханский край. В Дудинке служил литургию и крестил несколько человек. Для просвещения местных жителей и формирования из них духовенства помимо уже действовавшей в Ачинском округе частной школы была открыта школа в Туруханском крае, в епархиальном духовном училище были учреждены три стипендии для детей инородцев. С 1884 г. по инициативе Исаакия издавались «Енисейские епархиальные ведомости». В течение 1885 г. в епархии было открыто до 20 церковноприходских школ, а также образцовая школа при учительской семинарии, диаконы и псаломщики могли присутствовать на занятиях. По предложению Исаакия в 1886/1887 учебном году в Красноярске открылось трёхклассное женское епархиальное училище с двухгодичным курсом в каждом классе. Епископ выплачивал одной из учениц пособие на обучение из собственных средств, второй – из средств архиерейского дома. Он поддержал и мужское духовное училище, учредив общество вспомоществования его бедным воспитанникам во имя св. Александра Невского. За короткий срок Исаакий смог благоустроить недавно основанный монастырь Успения Пресвятой Богородицы (ныне в черте Красноярска). 8 марта 1886 г. Исаакий был назначен епископом Томским и Семипалатинским. Генерал-губернатор Восточной Сибири граф Алексей Павлович Игнатьев назвал печальным событием отъезд из Красноярска «твёрдого и заботливого архипастыря». Перед отъездом Исаакий помолился во всех красноярских храмах, посетил дома не только священников, но и низших членов клира, средние и начальные школы. 5 мая того же года Исаакий отбыл из Красноярска, 12 мая прибыл в Томск, посетил кафедральный собор, произнёс Слово, в котором приветствовал православных, старообрядцев и даже язычников, пожелав им «просвещения светом истинной веры». Заботясь об эффективности миссионерской деятельности, 22 июня 1886 г. Исаакий вступил в члены Томского отделения противораскольнического братства Димитрия Ростовского. Он неоднократно посещал Алтай и ознакомился с деятельностью Алтайской духовной миссии. 4 декабря 1887 г. Исаакий освятил новосооружённый Александро-Невский храм в городе Колывань, в том же месяце совершил поездку в Нарымский край и проповедовал веру Христову среди хантов.