Подобно предшественнику императору Маврикию, также выходцу из восточных провинций Византии, Ираклий I стремился решить эти вопросы, увеличивая состав своей семьи и приобщая как можно больше её членов к власти или, по крайней мере, к официальному статусу соправителей императора. Как и при Маврикии, во дворце помимо семьи и высших чиновников было много родственников императора, которым Ираклий I доверял ряд ответственных постов. Жёны и дети Ираклия I в разное время получали те или иные официальные титулы, указывавшие как на их привилегированное положение в империи, так и на права на престол. Ношение ими регалий власти, участие в официальных церемониях при дворе, в храмах и присутствие на городских праздниках в Константинополе были демонстрацией прав Ираклия I и его семьи и служили залогом поддержки их правления обществом (народом), коль скоро жители столицы и приезжавшие в Константинополь из других областей воочию наблюдали правящую фамилию и формально одобряли её пребывание у власти славословиями. Подобный клановый, династический режим правления был слабо развит в Византии предшествующего периода, середины V – конца VI вв., и окончательно утвердился при Ираклии I. 7 июля 611 г. у Ираклия I и Евдокии родилась старшая дочь Епифания-Евдокия; 15 августа её крестили в храме Богородицы во Влахернах. 3 мая 612 г. родился сын Константин (Ираклий Младший; император Константин III в 641 г.). 13/14 августа 612 г. августа Евдокия скончалась по неизвестной причине; по мнению исследователей, Ираклий I тяжело переживал смерть жены (как и все остальные члены императорской семьи, она была похоронена в соборе св. Апостолов). Но 4 октября 612 г. ввиду сложной ситуации в семье старшая дочь Ираклия I Епифания была провозглашена его соправительницей и официальной наследницей; церемония коронации ребёнка состоялась в церкви св. Стефана в императорском дворце, после чего Епифанию показали народу в соборе Святой Софии. 22 января 613 г. подобные церемонии были организованы с сыном Ираклия I. Константина III короновали на константинопольском ипподроме в присутствии народа, и в тот же день он был помолвлен с Григорией, дочерью комита экскувитов Никиты, которая приходилась ему троюродной сестрой. В 613 или 614 г. Ираклий I женился на своей племяннице Мартине-Анастасии, дочери сестры Ираклия I Марии и Мартина; тогда же Мартину как новую императрицу (августу) короновал патриарх Сергий. С точки зрения церковного канона брак был незаконным, однако по различным причинам церковь в лице патриарха Сергия и большинство представителей византийского общества мирились с этим нарушением. Исследователи полагают, что Ираклий I, скорее всего, не воспринимал брак с родственницей как предосудительное деяние, поскольку подобные обычаи были широко распространены в то время в среде восточной (анатолийской и армянской) знати, откуда происходили Ираклий I и большинство из его окружения. Брак оказался удачным и многодетным. У Ираклия I и Мартины родились шесть сыновей (Константин, Фабий, Феодосий, Ираклона, Давид, Марин) и четыре дочери (Августина, Марина и две с неустановленными именами). В 615 г. родился сын Константин Младший (ум. до 628 г.?).