Иннокентий организовывал и особые миссионерские союзы среди приходского духовенства. Одним из первых был создан в 1906 г. миссионерский союз с центром в селе Митрополье, куда входили пять приходов. Члены этого союза проводили общественные чтения, беседы, распространяли духовную литературу и т.д. Другим миссионерским начинанием Иннокентия стало появление специальных миссионерских курсов с целью обучения и воспитания помощников для миссионеров – так называемых православных начётчиков. Первые миссионерские курсы состоялись в городе Тамбове в феврале 1905 г., затем – в различных населённых пунктах, главным образом, в сёлах с большим количеством сектантов. Участники курсов изучали Священное Писание, вероучение сектантов, учились грамотно полемизировать. Убеждённый монархист, Иннокентий поддержал организованный осенью 1905 г. Тамбовский союз русских людей, направил приветствие учредительному собранию союза и благословение – икону Серафима Саровского. 23 апреля 1907 г. в тамбовском кафедральном соборе после окончания литургии Иннокентий возглавил церемонию освящения знамени и хоругви союза. Принимал участие в четвёртом Всероссийском монархическом съезде, проходившем в Москве в том же году. Во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. по благословению Иннокентия монастыри, духовные школы, причты епархии собирали средства на военные нужды, на помощь раненым, инвалидам, вдовам и сиротам убитых воинов. Проводились целевые сборы: на иконы, передвижную церковь, храм на воинском кладбище в Маньчжурии. Личные пожертвования делал и сам Иннокентий. Он распорядился разместить в обителях около 600 раненых, а 119 детей погибших офицеров поселить в монастырских приютах. 17 марта 1905 г. император Николай II направил на имя Иннокентия телеграмму: «Сердечно благодарю вас, владыко, и церкви и монастыри Тамбовской епархии за благоговейное приношение подвижного храма-палатки во имя преподобного Серафима, Саровского Чудотворца для войск действующей армии. Я повелел доставить его в распоряжение главнокомандующего с тем, чтобы этот походный храм служил духовным нуждам частей шестого Сибирского корпуса, в составе которых находятся преимущественно тамбовцы» («Тамбовские епархиальные вести»). После убийства московского губернатора великого князя Сергея Александровича Иннокентий в числе других архиереев служил в Чудовом московском монастыре у гроба заупокойные службы. В слове, сказанном перед одной из панихид, он восклицал: «Путь к своей свободе мятежники прокладывают насилием, поливают его, во имя той же свободы, кровью; устилают трупами царских слуг и верных советников! Воистину мы стали в студ и поношение у соседей и врагов наших! Чем дальше, тем больше покрывается позором лицо Земли Русской, даже Кремль Москвы благочестивой. Отколе солнце стоит на небе, – не слыхано, чтобы в государстве Русском, во время войн его тяжёлых, совершались внутренние междоусобия и убийства».